La croissance du pathogène Staphylococcus aureus est inhibée par Lactococcus garvieae dans les produits laitiers et in vitro. Exceptée l’implication du peroxyde d’hydrogène (H2O2) produit par L. garvieae en aération, les mécanismes cellulaires impliqués sont peu caractérisés (Delbes-Paus et al., 2010). Afin de mieux les comprendre, l’expression des gènes de L. garvieae a été déterminée après 9 h de culture in vitro (inhibition maximale). Les ARNm ont été extraits en présence ou absence de S. aureus et en aération ou non, puis séquencés par un HiSeq 2000 (Illumina, reads de 50nt). Après alignement sur les génomes de référence avec Bowtie (Langmead et al., 2009), puis comptage du nombre de reads aligné par gène avec HTSeq Count (Anders et al., 2015), trois méthodes, DESeq, DESeq2 et EdgeR (Anders and Huber, 2010 ; Love et al., 2014 ; Robinson et al., 2010), ont été confrontées pour réaliser l'analyse différentielle de l'expression des gènes. Nous avons observé que S. aureus n’induisait aucune réponse de L. garvieae pouvant expliquer cette inhibition. En revanche, l’expression de 314 gènes de L. garvieae était affectée par l’aération, principalement des gènes impliqués dans le métabolisme primaire et l’adaptation au milieu. Ces analyses ont permis de proposer deux nouvelles hypothèses pour expliquer l’inhibition de croissance de S. aureus : une compétition nutritionnelle pour la thréonine et l’excrétion de molécules potentiellement inhibitrices. Les hypothèses seront confirmées par RT-PCRq et validées biologiquement.