Les maladies émergentes sont en recrudescence en lien avec les changements globaux observés actuellement et près d’un quart sont des maladies vectorielles. Le transport passif via les oiseaux migrateurs d’Afrique vers l’Europe semble être aussi une voie majeure d’introduction de tiques et donc potentiellement d’agents pathogènes et de nouvelles maladies vectorielles. Ainsi, sur l’île de Malte, a été recensé récemment l’import par un passereau migrateur d’une espèce d’Ixodes, du sous-genre Afrixodes, en provenance d’Afrique tropicale. Ce sous genre comprend 62 espèces, représentées actuellement uniquement en Afrique (sauf 2 espèces d’Inde), dont 9 espèces endémiques de l’île de Madagascar. Or, la taxonomie de la grande majorité des espèces de ce sous genre Afrixodes reste largement à préciser. Il manque la description des mâles chez 47% des espèces de ce sous-genre, 69% pour les nymphes et 78% pour les larves. Seulement 9 espèces d’Afrixodes disposent d’au moins une séquence déposée dans Genbank. Basée sur une large collection de tiques (681 spécimens) prélevées sur des micromammifères (rongeurs et musaraignes) d’Afrique tropicale, le travail de taxonomie intégrative proposé dans le cadre de cette thèse vise notamment à développer de nouveaux outils d’identifications moléculaires et morphologiques. Une méthode d’extraction d’ADN non-destructive, adaptée ici pour les tiques, donne accès à des données moléculaires sur les tiques et les microorganismes qu’elles hébergent (endosymbiotes, pathogènes…) tout en conservant leur intégrité corporelle, permettant ainsi des investigations relevant de la morphométrie géométrique. Cette approche intégrative permet ainsi de caractériser ces espèces et de réviser leur systématique tout en recherchant des agents pathogènes qu’elles pourraient héberger.