Cet article contribue aux débats sur le rôle des savoirs économiques dans l’action publique à partir d’une enquête sur les recompositions des politiques de la recherche en France dans les années 1980 et 1990. Sur le plan théorique, il se situe dans la lignée des travaux qui visent à rendre compte de l’influence variable de ces savoirs en s’intéressant à la place et à l’organisation de l’expertise économique au sein de l’État. Dans cette optique, en décrivant précisément les mécanismes de circulation, de traduction et d’appropriation de travaux économiques au sein du ministère de la Recherche, nous montrons comment le mode de raisonnement macroéconomique et planificateur, qui prévalait dans ce secteur depuis les années 1960, s’est effacé au profit d’une approche systémique de l’innovation, visant à multiplier et intensifier les liens entre recherche et monde économique. Cependant, en décalage avec la figure classique du « conseiller du prince », nous montrons que ces changements ont été promus par un ensemble d’experts proches des milieux académiques, mais occupant des positions relativement éloignées des circuits de décision politique : leur influence est le résultat d’un processus au long cours, reposant sur l’institutionnalisation dans l’administration d’un ensemble d’activités de production de données, de diagnostics et de rapports qui, en s’accumulant, finissent par dessiner des orientations incontournables dans l’action publique.