Structural characterization of stem cell factors Oct4, Sox2, Nanog and Esrrb disordered domains, and a method to detect phospho-dependent binding partners
Résumé
The combined expression of a handful of pluripotency transcription factors (PluriTFs) in somatic cells can generate induced pluripotent stem cells (iPSCs). Here, we report the structural characterization of disordered regions contained in four important PluriTFs, namely Oct4, Sox2, Nanog and Esrrb. Moreover, many post-translational modifications (PTMs) have been detected on PluriTFs, whose roles are not yet characterized. To help in their study, we also present a method (i) to produce well-characterized phosphorylation states of PluriTFs, using NMR analysis, and (ii) to use them for pull-downs in stem cell extracts analyzed by quantitative proteomics to detect potential Sox2 binders.
L’expression de facteurs de transcription de la pluripotence (PluriTF) dans des cellules somatiques peut générer des cellules souches pluripotentes induites. Nous présentons ici la caractérisation structurale des régions désordonnées de quatre PluriTFs importants : Oct4, Sox2, Nanog et Esrrb. De nombreuses modifications post-traductionnelles ont été détectées sur les PluriTFs, dont les rôles sont inconnues. Pour aider à leur étude, nous proposons une méthode (i) pour produire des états de phosphorylation bien définis des PluriTFs analysés par RMN, et (ii) les utiliser pour des précipitations par affinité d’extraits de cellules souches, analysées par protéomique quantitative pour identifier des partenaires potentiels.
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