Au cours des années 2020 et 2021, une intervention archéologique a été menée sur les élévations de l’église Notre-Dame de Saint-Jean-de-Maurienne dans le cadre des travaux de consolidation et de restauration de l’édifice. L’analyse archéologique s’est concentrée sur les parties purgées des murs de la nef – excepté le mur pignon occidental – et du chœur. Cela correspond à environ un tiers de la surface murale totale de l’église. Le mur pignon occidental a été exclu de l’étude archéologique par le service régional de l’archéologie parce qu’il s’agit d’une construction homogène de la fin du XVIIIe ou du début du XIXe siècle. Par ailleurs, la charpente de la nef a été entièrement étudiée avant sa dépose et les élévations sous combles ont été observées. Des observations complémentaires ont également été faites sur les bois de la charpente après son démontage, en particulier sur l’entrait médiéval en remploi. Grâce à l’analyse archéologique du bâti, il a été possible de dégager cinq grandes phases de construction. La première correspond à la construction de l’église durant la première moitié du XIe siècle (état 1). L’église était composée d’une nef unique terminée à l’est par une abside semi-circulaire et précédée à l’ouest par une avant-nef. Ses parements extérieurs étaient rythmés par des lésènes reliées à leur sommet par des arcatures aveugles et retombant sur un niveau de soubassement. Un clair-étage a également été observé, directement sous les arcatures aveugles. Une seule porte contemporaine de la construction de l’église a été identifée sur le mur gouttereau sud de la nef. Malgré la fenêtre de lecture réduite, la présence de peu d’ouvertures s’explique par la fonction de l’église lors de sa construction, qui était dédiée au chapitre. La nef était couverte par une charpente à chevrons-formant-ferme constituée de bois en mélèze. Seulement les entraits étaient visibles puisqu’un plancher en bois a été cloué sur ces derniers. À l’intérieur, l’église était enduite et badigeonnée en blanc. Le deuxième état de construction correspond à un ensemble d’aménagements entre le XIIe et la première moitié du XVe siècle (état 2a). Ces aménagements fonctionnaient avec un niveau de sol plus bas de 1 à 1,5 m que le niveau de sol actuel. Il s’agit en grande partie de l’insertion de baies. Elles montrent une vitalité certaine de l’édifice et son ouverture vers l’extérieur. Cette constatation correspond bien au changement de statut de l’église qui devient paroissiale en 1250. Probablement à cause de la crue du Bonrieu vers 1439-1440, l’église fait l’objet de réaménagements dont une surélévation des niveaux de sol. C’est peut-être à cette occasion que l’avant-nef, devenue un clocher, est coiffé d’une imposante flèche en bois qui marquera le paysage mauriennais jusqu’à la Révolution française. Plusieurs aménagements fonctionnant avec ce niveau de sol ont été identifiés comme antérieurs à la baroquisation de l’église au début du XVIIIe siècle. Ici aussi, il s’agit principalement de niches et de baies qui ont été regroupées dans un troisième état de construction situé entre la deuxième moitié du XVe et le début du XVIIIe siècle (état 2b). Au début du XVIIIe siècle, l’église a été dotée d’une parure baroque (état 3). À cette occasion, les murs de la nef ont été surélevés et une nouvelle charpente a été construite, en 1710d. À la suite de la mise hors d’eau, la nef a été voûtée, en 1712, et divisée en trois travées par des piliers adossés. Au centre de chaque travée, des baies ont été insérées dans les murs gouttereaux. Lors de la période révolutionnaire, le clocher a été décapité. En tombant, il a détruit les parties occidentales de la nef. Cela a modifié durablement de la physionomie de l’église Notre-Dame puisqu’elle a été raccourcie par la construction d’un nouveau mur pignon occidental situé au niveau de la quatrième travée dans l’édifice primitif, et séparée de son clocher. À partir de cette date, la question de son statut devient flou et mériterait d’être éclaircie : certaines sources la mentionnent comme lieu de culte tandis que d’autres la considèrent comme désacralisée. Quoi qu’il en soit, elle sera peu entretenue à partir de ce moment ce qui entrainera divers problèmes structurels observés dès la deuxième moitié du XXe siècle et résolus par les travaux de consolidation et de restauration entamés à la fin des années 2010.