Au sein de la zone côtière, les marais captent et séquestrent du carbone atmosphérique associés à un métabolisme autotrophe intense du compartiment terrestre. Ces systèmes côtiers exportent également de grandes quantités de carbone inorganique vers les systèmes aquatiques adjacents rendant les eaux côtières sources de CO2 pour l’atmosphère. Les marais sont donc le siège de nombreux processus et flux biogéochimiques aux différentes interfaces d'échange terrestre - aquatique - atmosphérique et aux différentes échelles temporelles (saisonnière, diurne, tidale). Différentes typologies (tidale ou retro-littorale) et modes de gestion (naturel ou anthropique) existent au sein de ces systèmes côtiers où la dynamique du carbone et les facteurs de contrôle mis en jeu sont complexes et spécifiques à chaque système. L’objectif était d’étudier le rôle du métabolisme planctonique sur la dynamique du carbone, et sur les flux de CO2 atmosphérique associés au sein de deux marais des Pertuis Charentais gérés naturellement mais contrastés (saumâtre et salé) . Nous avons donc mesuré simultanément les échanges de CO2 à l’interface eau-atmosphère, les pressions partielles de CO2 de l'eau ainsi que les autres formes du carbone (organique et inorganique) associées au métabolisme planctonique (production/respiration) sur des cycles saisonniers de 24 heures en 2021. Les résultats de cette étude apporteront des informations essentielles sur le rôle joué par les communautés planctoniques dans le cycle du carbone. Elles permettront notamment d’identifier le rôle de puits ou de source de CO2 joué par les marais aux différentes échelles temporelles