Extraction d'information pour la sélection du blé par marqueur génétique
Résumé
La sélection des variétés de blé d'intérêt agronomique est un enjeu millénaire. Les évolutions récentes de la biologie permettent d'accélérer considérablement le processus de sélection par l'identification de marqueurs génétiques liés à des gènes impliqués dans le contrôle d'un caractère d'intérêt comme le nombre de grains ou la résistance aux maladies. Nous décrivons ici la méthode mise en oeuvre pour extraire de façon automatique et à grande échelle, cette information de la littérature scientifique. Elle s'appuie sur la définition d'un modèle de connaissance adapté à sa représentation et à son extraction, ainsi que sur le thésaurus WheatPhenotypes des caractères et phénotypes construit dans ce but. La première étape de l'extraction automatique porte sur la reconnaissance des entités par deux méthodes complémentaires, l'une pour les termes figés basée sur des dictionnaires et patrons et l'autre pour les termes plus variables basée sur une analyse terminologique et sémantique. Elles sont évaluées sur des ensembles d'exemples annotés manuellement, de référence. Les premiers résultats d'extraction d'entités obtenus sont très prometteurs. Ils sont exploités dans le moteur de recherche sémantique AlvisIRWheatMarker spécialisé dans la recherche d'information de marqueurs génétiques du blé.
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