The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations
Rommie Amaro
(1)
,
Johan Åqvist
(2)
,
Ivet Bahar
(3)
,
Federica Battistini
(4)
,
Adam Bellaiche
(5)
,
Daniel Beltran
(4)
,
Philip Biggin
,
Massimiliano Bonomi
(6)
,
Gregory Bowman
,
Richard Bryce
(7)
,
Giovanni Bussi
(8, 9)
,
Paolo Carloni
(10, 9)
,
David Case
(11)
,
Andrea Cavalli
(12, 13)
,
Chia-En Chang
,
Thomas Cheatham
,
Margaret Cheung
,
Christophe Chipot
,
Lillian Chong
,
Preeti Choudhary
(5)
,
G. Andres Cisneros
,
Cecilia Clementi
(14)
,
Rosana Collepardo-Guevara
(15)
,
Peter Coveney
(16, 17)
,
Roberto Covino
,
T. Daniel Crawford
(18, 19)
,
Matteo Dal Peraro
,
Bert de Groot
(20)
,
Lucie Delemotte
(21)
,
Marco de Vivo
(12)
,
Jonathan Essex
(22)
,
Franca Fraternali
(16)
,
Jiali Gao
(23)
,
Josep Ll. Gelpí
,
Francesco Gervasio
,
Fernando González-Nilo
,
Helmut Grubmüller
(20)
,
Marina Guenza
(24)
,
Horacio Guzman
,
Sarah Harris
(25)
,
Teresa Head-Gordon
(26)
,
Rigoberto Hernandez
(27)
,
Adam Hospital
(4, 28)
,
Niu Huang
(29)
,
Xuhui Huang
(30)
,
Gerhard Hummer
(31, 32)
,
Javier Iglesias-Fernández
(33)
,
Jan Jensen
,
Shantenu Jha
(11)
,
Wanting Jiao
(34)
,
William Jorgensen
,
Shina Kamerlin
,
Syma Khalid
(35)
,
Charles Laughton
(36)
,
Michael Levitt
(37)
,
Vittorio Limongelli
(38)
,
Erik Lindahl
(39, 21)
,
Kresten Lindorff-Larsen
,
Sharon Loverde
(40)
,
Magnus Lundborg
(21)
,
Yun Luo
,
F. Javier Luque
,
Charlotte Lynch
,
Alexander Mackerell
(41)
,
Alessandra Magistrato
(8)
,
Siewert Marrink
,
Hugh Martin
(16)
,
J. Andrew Mccammon
(1)
,
Kenneth Merz
(42, 43)
,
Vicent Moliner
(44)
,
Adrian Mulholland
(45)
,
Sohail Murad
(46)
,
Athi Naganathan
,
Shikha Nangia
(47)
,
Frank Noe
(14, 48, 49)
,
Agnes Noy
(50)
,
Julianna Oláh
(51)
,
Megan O’mara
,
Mary Jo Ondrechen
(52)
,
Jose Onuchic
,
Alexey Onufriev
(53)
,
Sílvia Osuna
(54, 55)
,
Giulia Palermo
,
Anna Panchenko
,
Sergio Pantano
(56)
,
Carol Parish
,
Michele Parrinello
(12)
,
Alberto Perez
(57)
,
Tomas Perez-Acle
(58, 59)
,
Juan Perilla
,
B. Montgomery Pettitt
(60)
,
Adriana Pietropaolo
,
Jean-Philip Piquemal
(61)
,
Adolfo Poma
(62)
,
Matej Praprotnik
(63, 64)
,
Maria Ramos
,
Pengyu Ren
(65)
,
Nathalie Reuter
(66)
,
Adrian Roitberg
(57)
,
Edina Rosta
(16)
,
Carme Rovira
(67, 55)
,
Benoit Roux
(68)
,
Ursula Röthlisberger
(69)
,
Karissa Sanbonmatsu
,
Tamar Schlick
(70)
,
Alexey Shaytan
,
Carlos Simmerling
(3)
,
Jeremy Smith
,
Yuji Sugita
(71, 72, 73)
,
Katarzyna Świderek
(44)
,
Makoto Taiji
(73)
,
Peng Tao
(74)
,
D. Peter Tieleman
,
Irina Tikhonova
,
Julian Tirado-Rives
(75)
,
Iñaki Tuñón
(76)
,
Marc van der Kamp
,
David van der Spoel
(2)
,
Sameer Velankar
(5)
,
Gregory Voth
,
Rebecca Wade
(77)
,
Ariel Warshel
(78)
,
Valerie Vaissier Welborn
(19)
,
Stacey Wetmore
(79)
,
Travis Wheeler
,
Chung Wong
,
Lee-Wei Yang
(80)
,
Martin Zacharias
(81)
,
Modesto Orozco
(4, 67)
1
UC San Diego -
University of California [San Diego]
2 Uppsala University
3 SBU - Stony Brook University [SUNY]
4 IRB - Institute for Research in Biomedicine [Barcelona, Spain]
5 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
6 Département de Biologie structurale et Chimie - Department of Structural Biology and Chemistry
7 University of Manchester [Manchester]
8 SISSA / ISAS - Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati = International School for Advanced Studies [Trieste]
9 UKA - Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany]
10 FZJ - Forschungszentrum Jülich GmbH | Centre de recherche de Jülich | Juelich Research Centre
11 Rutgers - Rutgers University System
12 IIT - Italian Institute of Technology = Istituto Italiano di Tecnologia [Genova]
13 CECAM - Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire
14 Freie Universität Berlin = Free University of Berlin
15 CAM - University of Cambridge [Cambridge, UK]
16 UCL - University College London [UCL]
17 UvA - Universiteit van Amsterdam = University of Amsterdam
18 MolSSI - Molecular Sciences Software Institute [Blacksburg, USA]
19 Virginia Tech [Blacksburg]
20 Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences / Max-Planck-Institut für Multidisziplinäre Naturwissenschaften [Göttingen, Germany]
21 KTH - KTH Royal Institute of Technology [Stockholm]
22 University of Southampton
23 UMN - University of Minnesota [Twin Cities]
24 University of Oregon [Eugene]
25 University of Sheffield [Sheffield]
26 UC Berkeley - University of California [Berkeley]
27 JHU - Johns Hopkins University [Baltimore]
28 INB-ISCIII - Instituto Nacional de Bioinformática = Spanish National Bioinformatics Institute [Barcelona, Spain]
29 NIBS - National Institute of Biological Sciences [Beijing, China]
30 University of Wisconsin-Madison
31 MPIBP - Max-Planck-Institut für Biophysik - Max Planck Institute of Biophysics [Frankfurt am Main, Germany]
32 Goethe University Frankfurt = Goethe-Universität Frankfurt am Main
33 NBD - Nostrum Biodiscovery [Barcelona, Spain]
34 Victoria University of Wellington
35 University of Oxford
36 UON - University of Nottingham, UK
37 Stanford University
38 USI - Università della Svizzera italiana = University of Italian Switzerland
39 Stockholm University
40 CUNY - City University of New York [New York]
41 UMB - University of Maryland [Baltimore]
42 Lerner Research Institute [Cleveland, OH, USA]
43 Michigan State University System
44 Universitat Jaume I = Jaume I University
45 University of Bristol [Bristol]
46 IIT - Illinois Institute of Technology
47 Syracuse University
48 Rice University [Houston]
49 MSR AI4Sciences - Microsoft Research AI4Science [Berlin,Germany]
50 University of York [York, UK]
51 BME - Budapest University of Technology and Economics [Budapest]
52 Northeastern University [Boston]
53 Virginia Polytechnic Institute and State University [Blacksburg]
54 UdG - Universitat de Girona = University of Girona
55 ICREA - Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats = Catalan Institution for Research and Advanced Studies
56 Institut Pasteur de Montevideo
57 UF - University of Florida [Gainesville]
58 Fundación Ciencia & Vida
59 USS - Universidad San Sebastian = San Sebastian University [Santiago, Chile]
60 UTMB - The University of Texas Medical Branch
61 LCT - Laboratoire de chimie théorique
62 PAN - Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences
63 KI - National Institute of Chemistry [Ljubljana]
64 University of Ljubljana
65 University of Texas at Austin [Austin]
66 UiB - University of Bergen
67 UB - Universitat de Barcelona
68 University of Chicago
69 EPFL - Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne
70 NYU - New York University [New York]
71 RIKEN CCS - RIKEN Center for Computational Science [Kobe]
72 RIKEN PRI - RIKEN Cluster for Pioneering Research
73 RIKEN BDR - RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research [Kobe]
74 SMU - Southern Methodist University [Dallas, TX, USA]
75 Yale University [New Haven]
76 UV - Universitat de València = University of Valencia = Universidade de Valencia
77 HITS - Heidelberg Institute for Theoretical Studies
78 USC - University of Southern California
79 University of Lethbridge
80 NTHU - National Tsing Hua University [Hsinchu]
81 TUM - Technische Universität Munchen = Technical University Munich = Université Technique de Munich
2 Uppsala University
3 SBU - Stony Brook University [SUNY]
4 IRB - Institute for Research in Biomedicine [Barcelona, Spain]
5 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
6 Département de Biologie structurale et Chimie - Department of Structural Biology and Chemistry
7 University of Manchester [Manchester]
8 SISSA / ISAS - Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati = International School for Advanced Studies [Trieste]
9 UKA - Universitätsklinikum RWTH Aachen - University Hospital Aachen [Aachen, Germany]
10 FZJ - Forschungszentrum Jülich GmbH | Centre de recherche de Jülich | Juelich Research Centre
11 Rutgers - Rutgers University System
12 IIT - Italian Institute of Technology = Istituto Italiano di Tecnologia [Genova]
13 CECAM - Centre Européen de Calcul Atomique et Moléculaire
14 Freie Universität Berlin = Free University of Berlin
15 CAM - University of Cambridge [Cambridge, UK]
16 UCL - University College London [UCL]
17 UvA - Universiteit van Amsterdam = University of Amsterdam
18 MolSSI - Molecular Sciences Software Institute [Blacksburg, USA]
19 Virginia Tech [Blacksburg]
20 Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences / Max-Planck-Institut für Multidisziplinäre Naturwissenschaften [Göttingen, Germany]
21 KTH - KTH Royal Institute of Technology [Stockholm]
22 University of Southampton
23 UMN - University of Minnesota [Twin Cities]
24 University of Oregon [Eugene]
25 University of Sheffield [Sheffield]
26 UC Berkeley - University of California [Berkeley]
27 JHU - Johns Hopkins University [Baltimore]
28 INB-ISCIII - Instituto Nacional de Bioinformática = Spanish National Bioinformatics Institute [Barcelona, Spain]
29 NIBS - National Institute of Biological Sciences [Beijing, China]
30 University of Wisconsin-Madison
31 MPIBP - Max-Planck-Institut für Biophysik - Max Planck Institute of Biophysics [Frankfurt am Main, Germany]
32 Goethe University Frankfurt = Goethe-Universität Frankfurt am Main
33 NBD - Nostrum Biodiscovery [Barcelona, Spain]
34 Victoria University of Wellington
35 University of Oxford
36 UON - University of Nottingham, UK
37 Stanford University
38 USI - Università della Svizzera italiana = University of Italian Switzerland
39 Stockholm University
40 CUNY - City University of New York [New York]
41 UMB - University of Maryland [Baltimore]
42 Lerner Research Institute [Cleveland, OH, USA]
43 Michigan State University System
44 Universitat Jaume I = Jaume I University
45 University of Bristol [Bristol]
46 IIT - Illinois Institute of Technology
47 Syracuse University
48 Rice University [Houston]
49 MSR AI4Sciences - Microsoft Research AI4Science [Berlin,Germany]
50 University of York [York, UK]
51 BME - Budapest University of Technology and Economics [Budapest]
52 Northeastern University [Boston]
53 Virginia Polytechnic Institute and State University [Blacksburg]
54 UdG - Universitat de Girona = University of Girona
55 ICREA - Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats = Catalan Institution for Research and Advanced Studies
56 Institut Pasteur de Montevideo
57 UF - University of Florida [Gainesville]
58 Fundación Ciencia & Vida
59 USS - Universidad San Sebastian = San Sebastian University [Santiago, Chile]
60 UTMB - The University of Texas Medical Branch
61 LCT - Laboratoire de chimie théorique
62 PAN - Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences
63 KI - National Institute of Chemistry [Ljubljana]
64 University of Ljubljana
65 University of Texas at Austin [Austin]
66 UiB - University of Bergen
67 UB - Universitat de Barcelona
68 University of Chicago
69 EPFL - Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne
70 NYU - New York University [New York]
71 RIKEN CCS - RIKEN Center for Computational Science [Kobe]
72 RIKEN PRI - RIKEN Cluster for Pioneering Research
73 RIKEN BDR - RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research [Kobe]
74 SMU - Southern Methodist University [Dallas, TX, USA]
75 Yale University [New Haven]
76 UV - Universitat de València = University of Valencia = Universidade de Valencia
77 HITS - Heidelberg Institute for Theoretical Studies
78 USC - University of Southern California
79 University of Lethbridge
80 NTHU - National Tsing Hua University [Hsinchu]
81 TUM - Technische Universität Munchen = Technical University Munich = Université Technique de Munich
Rommie Amaro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528661
- ORCID : 0000-0002-9275-9553
Ivet Bahar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 795233
- ORCID : 0000-0001-9959-4176
Federica Battistini
- Fonction : Auteur
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- IdRef : 294176268
Philip Biggin
- Fonction : Auteur
Massimiliano Bonomi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 738969
- IdHAL : massimiliano-bonomi
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- IdRef : 237807793
Gregory Bowman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528662
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Chia-En Chang
- Fonction : Auteur
Thomas Cheatham
- Fonction : Auteur
Margaret Cheung
- Fonction : Auteur
Christophe Chipot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762659
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- IdRef : 079260578
Lillian Chong
- Fonction : Auteur
G. Andres Cisneros
- Fonction : Auteur
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Peter Coveney
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793163
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Roberto Covino
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1495180
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Matteo Dal Peraro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528663
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Bert de Groot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528664
- ORCID : 0000-0003-3570-3534
Lucie Delemotte
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760962
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- IdRef : 15825855X
Jonathan Essex
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528665
- ORCID : 0000-0003-2639-2746
Franca Fraternali
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528666
- ORCID : 0000-0002-3143-6574
Josep Ll. Gelpí
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528667
- ORCID : 0000-0002-0566-7723
Francesco Gervasio
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528668
- ORCID : 0000-0003-4831-5039
Fernando González-Nilo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528669
- ORCID : 0000-0001-6857-3575
Helmut Grubmüller
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1222243
- ORCID : 0000-0002-3270-3144
Marina Guenza
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528670
- ORCID : 0000-0002-1151-4766
Horacio Guzman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1495701
- ORCID : 0000-0003-2564-3005
Teresa Head-Gordon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806066
- ORCID : 0000-0003-0025-8987
Niu Huang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528672
- ORCID : 0000-0002-6912-033X
Xuhui Huang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1354271
- ORCID : 0000-0002-7119-9358
Jan Jensen
- Fonction : Auteur
Wanting Jiao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528673
- ORCID : 0000-0002-0234-7206
William Jorgensen
- Fonction : Auteur
Shina Kamerlin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528674
- ORCID : 0000-0002-3190-1173
Charles Laughton
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528675
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Kresten Lindorff-Larsen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793233
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Sharon Loverde
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528676
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Magnus Lundborg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528677
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Yun Luo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528678
- ORCID : 0000-0003-3581-754X
F. Javier Luque
- Fonction : Auteur
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Charlotte Lynch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528679
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Alexander Mackerell
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793716
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Siewert Marrink
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1188118
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J. Andrew Mccammon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1411621
- ORCID : 0000-0003-3065-1456
Kenneth Merz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528680
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Adrian Mulholland
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528681
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Athi Naganathan
- Fonction : Auteur
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Frank Noe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1445276
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Agnes Noy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528682
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Megan O’mara
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528683
- ORCID : 0000-0002-8764-1585
Mary Jo Ondrechen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528684
- ORCID : 0000-0003-2456-4313
Jose Onuchic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528685
- ORCID : 0000-0002-9448-0388
Giulia Palermo
- Fonction : Auteur
Anna Panchenko
- Fonction : Auteur
Carol Parish
- Fonction : Auteur
Alberto Perez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1495712
- ORCID : 0000-0002-5054-5338
Juan Perilla
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528686
- ORCID : 0000-0003-1171-6816
Adriana Pietropaolo
- Fonction : Auteur
Jean-Philip Piquemal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 7807
- IdHAL : jean-philip-piquemal
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- IdRef : 089289439
Adolfo Poma
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1405877
- IdHAL : poma-adolfo
- ORCID : 0000-0002-8875-3220
Matej Praprotnik
- Fonction : Auteur
- PersonId : 815370
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Maria Ramos
- Fonction : Auteur
Nathalie Reuter
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755999
- ORCID : 0000-0002-3649-7675
- IdRef : 159739454
Carme Rovira
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1157635
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Ursula Röthlisberger
- Fonction : Auteur
- PersonId : 773194
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- IdRef : 236895478
Karissa Sanbonmatsu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528687
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Alexey Shaytan
- Fonction : Auteur
Carlos Simmerling
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528688
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Jeremy Smith
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528689
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Katarzyna Świderek
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528691
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Peng Tao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528692
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D. Peter Tieleman
- Fonction : Auteur
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Irina Tikhonova
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528693
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Julian Tirado-Rives
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528694
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Marc van der Kamp
- Fonction : Auteur
David van der Spoel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528695
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Sameer Velankar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1315476
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Gregory Voth
- Fonction : Auteur
Ariel Warshel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528696
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Stacey Wetmore
- Fonction : Auteur
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Travis Wheeler
- Fonction : Auteur
Chung Wong
- Fonction : Auteur
Lee-Wei Yang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1528698
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Martin Zacharias
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1228368
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Modesto Orozco
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1261755
- ORCID : 0000-0002-8608-3278
- IdRef : 279400713
Résumé
This letter illustrates the opinion of the molecular dynamics (MD) community on the need to adopt a new FAIR paradigm for the use of molecular simulations. It highlights the necessity of a collaborative effort to create, establish, and sustain a database that allows findability, accessibility, interoperability, and reusability of molecular dynamics simulation data. Such a development would democratize the field and significantly improve the impact of MD simulations on life science research. This will transform our working paradigm, pushing the field to a new frontier. We invite you to support our initiative at the MDDB community (https://mddbr.eu/community/)