Lorsque des espèces partagent les mêmes habitats, des transmissions de parasites peuvent être observées, y compris de parasites résistants aux antiparasitaires. Dans les Alpes, les moutons domestiques sont conduits dans les montagnes chaque été dans des zones où vivent des ongulés sauvages tel que le bouquetin des Alpes Capra ibex. Dans cette étude, nous avons analysé le némabiome des moutons domestiques et des bouquetins afin d'évaluer la transmission croisée des nématodes entre les deux espèces hôtes et la fréquence des nématodes résistants aux anthelminthiques chez les moutons et les bouquetins. Pour cela, des échantillons fécaux ont été prélevés sur des bouquetins avant l'arrivée des moutons dans trois zones différentes des Alpes françaises. Après coproculture, l'ADN a été extrait de pools de larves de stade 3. Nous avons amplifié puis séquencé l’ITS2 rDNA en utilisant le séquençage de nouvelle génération pour identifier la diversité des nématodes. Nous avons également séquencé l'isotype 1 du gène de la bêta-tubuline, dans lequel des mutations ont été associées à la résistance aux benzimidazoles. L’analyse des données obtenues montre que les moutons et les bouquetins ont des némabiomes très similaires, à l'exception de quelques espèces de nématodes, telles que Marshallagia marshalli et Trichostrongylus axei. Des nématodes résistants ont été trouvés dans tous les troupeaux ovins testés et dans toutes les populations de bouquetins. De plus, une proportion relativement élevée de mutations conférant la résistance a été trouvée chez certaines espèces de parasites, à la fois chez les ovins et les bouquetins. Nos résultats suggèrent que la cooccurrence à long terme des moutons et des bouquetins sur les alpages a favorisé l'échange de nématodes gastro-intestinaux. Malgré l'absence de moutons sur l'alpage pendant plus de 9 mois, les bouquetins excrètent des œufs de nématodes résistants qui peuvent éclore et se développer jusqu'au stade L3, suggérant qu’ils peuvent maintenir ces parasites résistants en l’absence des moutons. Une analyse plus poussée pourrait permettre d'étudier le rôle potentiel des bouquetins en tant que réservoir de nématodes résistants pour les moutons transhumants et l'impact de la transmission de nématodes par les moutons sur la santé des bouquetins.