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Article Dans Une Revue Frontiers in Genetics Année : 2023

Gene-educational attainment interactions in a multi-population genome-wide meta-analysis identify novel lipid loci

Lisa de las Fuentes , Karen Schwander , Michael Brown , Amy Bentley , Thomas Winkler , Yun Ju Sung , Patricia Munroe , Clint Miller , Hugo Aschard , Stella Aslibekyan , Traci Bartz , Lawrence Bielak , Jin Fang Chai , Ching-Yu Cheng , Rajkumar Dorajoo , Mary Feitosa , Xiuqing Guo , Fernando Hartwig , Andrea Horimoto , Ivana Kolčić , Elise Lim , Yongmei Liu , Alisa Manning , Jonathan Marten , Solomon Musani , Raymond Noordam , Sandosh Padmanabhan , Tuomo Rankinen , Melissa Richard , Paul Ridker , Albert Smith , Dina Vojinovic , Alan Zonderman , Maris Alver , Mathilde Boissel , Kaare Christensen , Barry Freedman , Chuan Gao , Franco Giulianini , Sarah Harris , Meian He , Fang-Chi Hsu , Brigitte Kühnel , Federica Laguzzi , Xiaoyin Li , Leo-Pekka Lyytikäinen , Ilja Nolte , Alaitz Poveda , Rainer Rauramaa , Muhammad Riaz , Antonietta Robino , Tamar Sofer , Fumihiko Takeuchi , Bamidele Tayo , Peter van der Most , Niek Verweij , Erin Ware , Stefan Weiss , Wanqing Wen , Lisa Yanek , Yiqiang Zhan , Najaf Amin , Dan Arking , Christie Ballantyne , Eric Boerwinkle , Jennifer Brody , Ulrich Broeckel , Archie Campbell , Mickaël Canouil , Xiaoran Chai , Yii-Der Ida Chen , Xu Chen , Kumaraswamy Naidu Chitrala , Maria Pina Concas , Ulf de Faire , Renée de Mutsert , H. Janaka de Silva , Paul de Vries , Ahn Do , Jessica Faul , Virginia Fisher , James Floyd , Terrence Forrester , Yechiel Friedlander , Giorgia Girotto , C. Charles Gu , Göran Hallmans , Sami Heikkinen , Chew-Kiat Heng , Georg Homuth , Steven Hunt , M. Arfan Ikram , David Jacobs , Maryam Kavousi , Chiea Chuen Khor , Tuomas Kilpeläinen , Woon-Puay Koh , Pirjo Komulainen , Carl Langefeld , Jingjing Liang , Kiang Liu , Jianjun Liu , Kurt Lohman , Reedik Mägi , Ani Manichaikul , Colin Mckenzie , Thomas Meitinger , Yuri Milaneschi , Matthias Nauck , Christopher Nelson , Jeffrey O’connell , Nicholette Palmer , Alexandre Pereira , Thomas Perls , Annette Peters , Ozren Polašek , Olli Raitakari , Kenneth Rice , Treva Rice , Stephen Rich , Charumathi Sabanayagam , Pamela Schreiner , Xiao-Ou Shu , Stephen Sidney , Mario Sims , Jennifer Smith , John Starr , Konstantin Strauch , E. Shyong Tai , Kent Taylor , Michael Tsai , André Uitterlinden , Diana van Heemst , Melanie Waldenberger , Ya-Xing Wang , Wen-Bin Wei , Gregory Wilson , Deng Xuan , Jie Yao , Caizheng Yu , Jian-Min Yuan , Wei Zhao , Diane Becker , Amélie Bonnefond (1) , Donald Bowden , Richard Cooper , Ian Deary , Jasmin Divers , Tõnu Esko , Paul Franks , Philippe Froguel (1) , Christian Gieger , Jost Jonas , Norihiro Kato , Timo Lakka , Karin Leander , Terho Lehtimäki , Patrik Magnusson , Kari North , Ioanna Ntalla , Brenda Penninx , Nilesh Samani , Harold Snieder , Beatrice Spedicati , Pim van der Harst , Henry Völzke , Lynne Wagenknecht , David Weir , Mary Wojczynski , Tangchun Wu , Wei Zheng , Xiaofeng Zhu , Claude Bouchard , Daniel Chasman , Michele Evans , Ervin Fox , Vilmundur Gudnason , Caroline Hayward , Bernardo Horta , Sharon Kardia , Jose Eduardo Krieger , Dennis Mook-Kanamori , Patricia Peyser , Michael Province , Bruce Psaty , Igor Rudan , Xueling Sim , Blair Smith , Rob van Dam , Cornelia van Duijn , Tien Yin Wong , Donna Arnett , Dabeeru Rao , James Gauderman , Ching-Ti Liu , Alanna Morrison , Jerome Rotter , Myriam Fornage
Lisa de las Fuentes
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Karen Schwander
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Michael Brown
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Amy Bentley
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Thomas Winkler
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Yun Ju Sung
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Patricia Munroe
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Clint Miller
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Hugo Aschard
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Stella Aslibekyan
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Traci Bartz
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Lawrence Bielak
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Jin Fang Chai
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Ching-Yu Cheng
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Rajkumar Dorajoo
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Mary Feitosa
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Xiuqing Guo
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Fernando Hartwig
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Andrea Horimoto
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Ivana Kolčić
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Elise Lim
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Yongmei Liu
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Alisa Manning
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Jonathan Marten
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Solomon Musani
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Raymond Noordam
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Sandosh Padmanabhan
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Tuomo Rankinen
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Melissa Richard
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Paul Ridker
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Albert Smith
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Dina Vojinovic
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Alan Zonderman
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Maris Alver
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Mathilde Boissel
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Dabeeru Rao
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James Gauderman
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Ching-Ti Liu
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Alanna Morrison
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Jerome Rotter
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Myriam Fornage
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Résumé

Introduction: Educational attainment, widely used in epidemiologic studies as a surrogate for socioeconomic status, is a predictor of cardiovascular health outcomes. Methods: A two-stage genome-wide meta-analysis of low-density lipoprotein cholesterol (LDL), high-density lipoprotein cholesterol (HDL), and triglyceride (TG) levels was performed while accounting for gene-educational attainment interactions in up to 226,315 individuals from five population groups. We considered two educational attainment variables: “Some College” (yes/no, for any education beyond high school) and “Graduated College” (yes/no, for completing a 4-year college degree). Genome-wide significant ( p < 5 × 10 −8 ) and suggestive ( p < 1 × 10 −6 ) variants were identified in Stage 1 (in up to 108,784 individuals) through genome-wide analysis, and those variants were followed up in Stage 2 studies (in up to 117,531 individuals). Results: In combined analysis of Stages 1 and 2, we identified 18 novel lipid loci (nine for LDL, seven for HDL, and two for TG) by two degree-of-freedom (2 DF) joint tests of main and interaction effects. Four loci showed significant interaction with educational attainment. Two loci were significant only in cross-population analyses. Several loci include genes with known or suggested roles in adipose ( FOXP1, MBOAT4, SKP2, STIM1, STX4 ), brain ( BRI3, FILIP1, FOXP1, LINC00290, LMTK2, MBOAT4, MYO6, SENP6, SRGAP3, STIM1, TMEM167A, TMEM30A ), and liver ( BRI3, FOXP1 ) biology, highlighting the potential importance of brain-adipose-liver communication in the regulation of lipid metabolism. An investigation of the potential druggability of genes in identified loci resulted in five gene targets shown to interact with drugs approved by the Food and Drug Administration, including genes with roles in adipose and brain tissue. Discussion: Genome-wide interaction analysis of educational attainment identified novel lipid loci not previously detected by analyses limited to main genetic effects.

Dates et versions

hal-04528679 , version 1 (01-04-2024)

Identifiants

Citer

Lisa de las Fuentes, Karen Schwander, Michael Brown, Amy Bentley, Thomas Winkler, et al.. Gene-educational attainment interactions in a multi-population genome-wide meta-analysis identify novel lipid loci. Frontiers in Genetics, 2023, 14, ⟨10.3389/fgene.2023.1235337⟩. ⟨hal-04528679⟩
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