Microscopy-BIDS: An Extension to the Brain Imaging Data Structure for Microscopy Data - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Frontiers in Neuroscience Année : 2022

Microscopy-BIDS: An Extension to the Brain Imaging Data Structure for Microscopy Data

Marie-Hélène Bourget
  • Fonction : Auteur
Lee Kamentsky
  • Fonction : Auteur
Satrajit Ghosh
  • Fonction : Auteur
Giacomo Mazzamuto
  • Fonction : Auteur
Alberto Lazari
  • Fonction : Auteur
Christopher Markiewicz
  • Fonction : Auteur
Robert Oostenveld
  • Fonction : Auteur
Guiomar Niso
  • Fonction : Auteur
Yaroslav Halchenko
  • Fonction : Auteur
Ilona Lipp
  • Fonction : Auteur
Paule-Joanne Toussaint
  • Fonction : Auteur
Ali Khan
  • Fonction : Auteur
Gustav Nilsonne
  • Fonction : Auteur
Filippo Maria Castelli
  • Fonction : Auteur
Julien Cohen-Adad
  • Fonction : Auteur

Résumé

The Brain Imaging Data Structure (BIDS) is a specification for organizing, sharing, and archiving neuroimaging data and metadata in a reusable way. First developed for magnetic resonance imaging (MRI) datasets, the community-led specification evolved rapidly to include other modalities such as magnetoencephalography, positron emission tomography, and quantitative MRI (qMRI). In this work, we present an extension to BIDS for microscopy imaging data, along with example datasets. Microscopy-BIDS supports common imaging methods, including 2D/3D, ex / in vivo , micro-CT, and optical and electron microscopy. Microscopy-BIDS also includes comprehensible metadata definitions for hardware, image acquisition, and sample properties. This extension will facilitate future harmonization efforts in the context of multi-modal, multi-scale imaging such as the characterization of tissue microstructure with qMRI.
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hal-04526933 , version 1 (24-05-2024)

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Citer

Marie-Hélène Bourget, Lee Kamentsky, Satrajit Ghosh, Giacomo Mazzamuto, Alberto Lazari, et al.. Microscopy-BIDS: An Extension to the Brain Imaging Data Structure for Microscopy Data. Frontiers in Neuroscience, 2022, 16, ⟨10.3389/fnins.2022.871228⟩. ⟨hal-04526933⟩
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