RFLOMICS: R package and Shiny interface for integrative analysis of omics data - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Poster De Conférence Année : 2023

RFLOMICS: R package and Shiny interface for integrative analysis of omics data

Gwendal Cueff
Audrey Hulot
Delphine Charif

Résumé

In order to better understand complex biological processes, molecular data at different scales of the cell, known as "multi-omics data", are mass-produced. These omics data describe, for example, gene expression (transcriptomics data), protein abundance (proteomics data) or metabolite abundance (metabolomics data). These data are heterogeneous, large-scale and often noisy. They are acquired according to a common experimental design built around the study of one or more biological processes. A distinction is made between single-omics analyses (one table) and multi-omics analyses (several tables). Studying each omic layer is an interesting first step in exploring and extracting the biological variability relevant to the process under study, and to reduce the dimension of the tables. Once this step has been completed, joint analysis of the tables can be considered, to link together the different omics layers. Multi-omics analysis is still an active area of research, as the characteristics of these data require a specific processing. Such analysis of heterogeneous multi-table data remains a technical challenge, it requires relevant methods and parameters adapted to the data, as well as adequate visualization methods and rigorous management of the analysis environment. RFLOMICS was developed in this particular context: to harmonize practices, save time on code and guarantee reproducibility of analyses by relying on a pipeline using expertized methods and parameters. RFLOMICS is an R package with a shiny interface, enabling guided analysis of three types of omics (transcriptomics, proteomics and metabolomics), accepting several tables per omics type. Up to three biological and two technical factors can be taken into account. The interface guides the user through every step of the analysis, from model creation to the generation of an html report containing all the analyses performed.
Afin de mieux comprendre les processus biologiques complexes, des données moléculaires à différentes échelles de la cellule, appelées « données multi-omiques », sont produites en masse. Ces données omiques décrivent par exemple l’expression des gènes (données transcriptomique), l’abondance des protéines (données protéomique) ou l’abondance des métabolites (données métabolomique). Ces données sont hétérogènes, de grande dimension et souvent bruitées. Elles sont acquises selon un plan d’expérience commun construit autour de l’étude d’un ou plusieurs processus biologiques. On distingue les analyses single-omics (une table) des analyses multi-omics (plusieurs tables). L’étude de chaque couche omique constitue une première étape intéressante pour explorer et extraire la variabilité biologique pertinente au regard du processus étudié et réduire la dimension des tables. Une fois cette étape effectuée, l’analyse conjointe des tables est envisageable, pour lier entre elles les différentes couches d’omiques. L’analyse multi-omics constitue un domaine de recherche actif, les caractéristiques de ces données demandant des traitements particuliers. Une telle analyse de données multi-tableaux hétérogènes, reste un défi technique qui nécessite des méthodes pertinentes et des paramètres adaptés aux données, ainsi que des méthodes de visualisations adéquates et une gestion rigoureuse de l’environnement d’analyse. C’est dans ce contexte que RFLOMICS a été développé : pour permettre d’harmoniser les pratiques, de gagner du temps sur le code et de garantir la reproductibilité des analyses en s’appuyant sur un pipeline utilisant des méthodes et des paramètres expertisés. RFLOMICS est un package R avec une interface shiny, qui permet d’analyser de manière guidée trois types d’omiques (transcriptomique, protéomique et metabolomique), acceptant plusieurs tables par type d’omique. Il permet de prendre en compte jusqu’à trois facteurs biologiques et deux facteurs techniques. L’interface guide l’utilisateur dans toutes les étapes de l’analyse, de la création de son modèle jusqu’à la génération d’un rapport html contenant toutes les étapes qu’il aura effectuées.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-04524447 , version 1 (28-03-2024)

Identifiants

  • HAL Id : hal-04524447 , version 1

Citer

Nadia Bessoltane, Christine Paysant-Le-Roux, Gwendal Cueff, Audrey Hulot, Delphine Charif. RFLOMICS: R package and Shiny interface for integrative analysis of omics data. Rencontres R (2023), Jun 2023, Avignon, France. ⟨hal-04524447⟩
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