Le Muséum national d'Histoire naturelle s'est doté en 2011 d'un équipement de micro-tomographie par rayons X, implanté sur le site du Jardin des Plantes à Paris, pour l'étude de ses collections d'Histoire naturelle. Organisée au sein du plateau technique mutualisé AST-RX, l'activité de numérisation 3D a pour principale vocation de soutenir les recherches scientifiques autour des collections patrimoniales. L'accès à cette technique d'imagerie 3D contribue également à renseigner sur la conservation des spécimens, à permettre leur valorisation, ainsi qu'à fournir des données pour l'enseignement ou l'expertise. Avec le recul de plus d'une décennie d'activité, un bilan peut être dressé sur la façon dont les universitaires issus de différentes disciplines se sont approprié l'outil pour faire émerger de nouvelles méthodes et de nouvelles connaissances. Dans le cadre de cette présentation, nous ´évoquerons la mise en place de protocoles adaptés à la numérisation d'objets patrimoniaux parfois indociles. Nous discuterons de l'accompagnement nécessaire en formation continue sur les aspects logiciels pour le post-traitement et l'exploitation des données 3D. Enfin, nous évoquerons la façon dont l'archivage et la mise à disposition des données tomographiques sont réalisés au MNHN ainsi que les perspectives proposées par plusieurs projets en cours.