High-quality genome assemblies of corals highlight the specifics of their long lifespan
France Denoeud
(1)
,
Benjamin Noel
(1)
,
Julie Poulain
(2, 3)
,
Carol Bruitago
(4)
,
Quentin Carradec
(2, 3)
,
Eric Armstrong
(5, 2, 6)
,
Julie Lê-Hoang
(7, 2, 3)
,
Emilie Boissin
(8)
,
Eric Gilson
(9)
,
Mélanie Pousse
(9, 10, 11)
,
Alice Rouan
(9)
,
Serge Planes
(8)
,
Christian Voolstra
(12)
,
Patrick Wincker
(3)
,
Didier Zoccola
(13)
,
Jean-Marc Aury
(1)
1
LBGB -
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
4 King Abdulaziz University
5 IB - Department of Integrative Biology [Berkeley]
6 UMR 8030 - Génomique métabolique
7 UMS CNRS 3628 - INRAE 1396 - Inserm 026 - France Génomique
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
10 IFR MARRES - Institut Fédératif de Recherche - Ressources Marines
11 LIA ROPSE - Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco
12 RSRC - Red Sea Research Centre
13 CSM - Centre Scientifique de Monaco
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
4 King Abdulaziz University
5 IB - Department of Integrative Biology [Berkeley]
6 UMR 8030 - Génomique métabolique
7 UMS CNRS 3628 - INRAE 1396 - Inserm 026 - France Génomique
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
10 IFR MARRES - Institut Fédératif de Recherche - Ressources Marines
11 LIA ROPSE - Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco
12 RSRC - Red Sea Research Centre
13 CSM - Centre Scientifique de Monaco
France Denoeud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908628
- IdHAL : france-denoeud
- ORCID : 0000-0001-8819-7634
- IdRef : 078754917
Benjamin Noel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1168862
- ORCID : 0000-0002-5830-3253
Julie Poulain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756903
- IdHAL : julie-poulain
- ORCID : 0000-0002-8744-3116
- IdRef : 061407232
Quentin Carradec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183100
- IdHAL : quentin-carradec
- ORCID : 0000-0003-4612-8678
- IdRef : 181215942
Eric Armstrong
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1259311
- ORCID : 0000-0003-1223-4907
Julie Lê-Hoang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1374776
- ORCID : 0000-0003-3331-4789
Emilie Boissin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 773657
- ORCID : 0000-0002-4110-790X
- IdRef : 131975765
Mélanie Pousse
- Fonction : Auteur
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Didier Zoccola
- Fonction : Auteur
- PersonId : 855074
- ORCID : 0000-0002-1524-8098
- IdRef : 153239379
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Résumé
During the last decade, several coral genomes have been sequenced allowing a better
understanding of these symbiotic organisms threatened by climate change. Scleractinian
corals have an important ecological role and are an essential element of the reefs, which
shelter a great diversity of species. Here we generated two coral genomes, Porites lobata
and Pocillopora meandrina with unprecedented contiguity that allowed us to study the functional organization of these genomes. We annotated their gene catalogue and reported a
relatively higher gene number than that found in other corals. This finding is explained by
a high number of tandemly duplicated genes, which are generally difficult to assemble and
annotate, especially using short-read technologies. These duplicated genes, which originate
from multiple and distinct events in the coral lineage, belong to gene-families linked to the
immune system and disease-resistance which we suggest to be a functional consequence of
their long lifespan.