Propagation de communautés microbiennes en émulsions inverses
Résumé
L'intérêt croissant pour les communautés microbiennes parmi les scientifiques et les industriels suscite une demande de nouveaux outils et techniques pour les cultiver. Cependant, les interactions microbiennes dans un réacteur peuvent entraîner une perte de diversité pendant la culture. En particulier, la compétition bactérienne entre les espèces peut conduire à une sur- ou sous-représentation des espèces après la culture. Bien qu'il existe plusieurs systèmes de co-culture qui atténuent la compétition, la plupart d'entre eux manquent de facilité d'utilisation ou sont conçus pour fonctionner à petite échelle. Nous avons investigué l’utilisation des émulsions inverses comme système de culture permettant la ségrégation des bactéries dans des gouttelettes indépendantes, afin de limiter la compétition entre les bactéries antagonistes et de propager des communautés microbiennes. Premièrement, la souche inhibitrice Carnobacterium maltaromaticum F2 et la souche sensible Listeria monocytogenes EGDe ont été choisies comme couple modèle d'antagonisme afin de valider ce concept. Des émulsions inverses faciles à produire peuvent servir de système de culture permettant une dynamique de croissance d'environ 3 log10 en cultures pures. De plus, elles permettent de lever la compétition en cultures mixtes. Deuxièmement, une communauté synthétique mimant une communauté bactérienne de fromage ainsi que des communautés extraites de différents environnements ont été propagées en utilisant une émulsion inversée. Des analyses de structures des communautés ont été réalisées afin d’évaluer l’impact de ce système de culture sur la diversité des communautés cultivées.