Tara Pacific 16S rRNA data analysis release - Archive ouverte HAL
Autre Publication Scientifique Année : 2020

Tara Pacific 16S rRNA data analysis release

Hans-Joachim Ruscheweyh (1) , Guillem Salazar (1) , Julie Poulain (2, 3, 4) , Caroline Belser (5) , Quentin Clayssen (6) , Benjamin C.C. Hume (7) , Emilie Boissin (8, 9) , Pierre Galand (10, 11) , Stéphane Pesant , Fabien Lombard (12) , Eric Armstrong (13, 3, 8) , Naama Lang Yona , Grace Klinges , Ryan Mcminds (14, 15, 16) , Nicolas Henry (17) , Rebecca Vega Thurber (16) , Clémentine Moulin (18) , Sylvain Agostini (19) , Bernard Banaigs , Emmanuel Boss (20) , Chris Bowler (3, 21) , Colomban de Vargas (22) , Eric Douville (23) , J. Michel Flores (24) , Didier Forcioli , Paola Furla , Eric Gilson , Stéphanie Reynaud , Matthew Sullivan , Olivier Thomas , Romain Troublé , Didier Zoccola , Serge Planes , Denis Allemand , Christian Voolstra , Patrick Wincker (13) , Shinichi Sunagawa
1 D-BIOL - Department of Biology [ETH Zürich]
2 JACOB - Institut de Biologie François JACOB
3 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
4 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
5 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
6 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
7 RSRC - Red Sea Research Centre
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
10 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
11 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
12 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
13 UMR 8030 - Génomique métabolique
14 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
15 MSI - Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
16 OSU - Oregon State University
17 CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
18 Tara Expéditions
19 Shimoda Marine Research Center
20 University of Maine
21 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
22 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
23 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
24 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
Hans-Joachim Ruscheweyh
Department of Biology [ETH Zürich]
Guillem Salazar
Department of Biology [ETH Zürich]
Julie Poulain
Institut de Biologie François JACOB
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
Caroline Belser
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Quentin Clayssen
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Benjamin C.C. Hume
Red Sea Research Centre
Emilie Boissin
Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
Laboratoire d'Excellence CORAIL
Pierre Galand
Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
Stéphane Pesant
Fabien Lombard
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
CV
Eric Armstrong
Génomique métabolique
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
Naama Lang Yona
Grace Klinges
  • Fonction : Auteur
Ryan Mcminds
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
Oregon State University
Nicolas Henry
Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
Rebecca Vega Thurber
Oregon State University
Clémentine Moulin
  • Fonction : Auteur
Tara Expéditions
Sylvain Agostini
Shimoda Marine Research Center
Bernard Banaigs
Emmanuel Boss
University of Maine
Chris Bowler
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
Institut de biologie de l'ENS Paris
CV
Colomban de Vargas
Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
CV
Eric Douville
Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
CV
J. Michel Flores
Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
Didier Forcioli
Paola Furla
Eric Gilson
Stéphanie Reynaud
Matthew Sullivan
Olivier Thomas
Romain Troublé
  • Fonction : Auteur
Didier Zoccola
Serge Planes
Denis Allemand
Christian Voolstra
Patrick Wincker
Génomique métabolique
CV
Shinichi Sunagawa

Résumé

This data is the result of the primary analysis of the 16S rRNA gene sequencing data collected from all islands as part of the Tara Pacific expedition. The analysis was conducted using cutadapt/snakemake/dada2 and usearch. A full README is contained within the data upload.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio]

Caroline Menguy  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-04384109

Soumis le : mercredi 10 janvier 2024-08:46:16

Dernière modification le : lundi 9 décembre 2024-15:38:02

Fichier non déposé

Dates et versions

hal-04384109 , version 1 (10-01-2024)

Identifiants

Citer

Hans-Joachim Ruscheweyh, Guillem Salazar, Julie Poulain, Caroline Belser, Quentin Clayssen, et al.. Tara Pacific 16S rRNA data analysis release. 2020, ⟨10.5281/ZENODO.4073269⟩. ⟨hal-04384109⟩

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