Tara Pacific metabarcoding sequencing (16S, 18S, ITS2) reference & replication tables version 1
2 JACOB - Institut de Biologie François JACOB
3 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
4 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
5 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
6 D-BIOL - Department of Biology [ETH Zürich]
7 Tara Expéditions
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
10 University of Maine
11 EPEP - Evolution des Protistes et Ecosystèmes Pélagiques
12 Shimoda Marine Research Center
13 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
14 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
15 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
16 Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël]
17 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
18 LIA ROPSE - Laboratoire International Associé Réponse des Organismes et Populations face au Stress Environnemental - Université Côte d’Azur - Centre Scientifique de Monaco
19 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
20 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
21 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
22 LabHC - Laboratoire Hubert Curien
23 UMR 8030 - Génomique métabolique
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Résumé
The tables in this dataset associate metabarcoding sequencing files generated by Genoscope (i.e. fastq.gz files with informative filename structures; with sequencing file pairs associated to unique 'readset' identifiers; housed on their FTP server at www.genoscope.cns.fr/sadc/tarapacific/METABARCODING; with the 'METAB' sequence strategy identifier as part of the sequencing file name) with their associated 'sample-id_source' identifier; as detailed in the 'TARA-PACIFIC_samples-provenance' file part of the 'Tara Pacific samples provenance and environmental context' Zenodo publication (DOI: 10.5281/zenodo.4068292) part of the 'tarapacific' Zenodo community). The main purpose of these tables is to act as a reference to identify samples (i.e., with a single 'sample-id_source') for which sequencing replication exists, per primer set (i.e., more than one set of fastq.gz sequencing files were generated, pre primer set). In the case of replication, these tables classify the replication into three classes color coded as green (same DNA extraction, same PCR, same sequencing run, different sequencing lane), yellow (same DNA extraction, same PCR, different sequencing run) and red (different DNA extraction and/or different PCR). It should be noted that in the vast majority of cases a 'sample-id_source' associates to only one readset per primer set. For a full description of the dataset, please see the included README.