Tara Pacific V9 18S rDNA metabarcoding dataset - Archive ouverte HAL
Autre Publication Scientifique Année : 2021

Tara Pacific V9 18S rDNA metabarcoding dataset

Frédéric Mahé (1, 2, 3) , Nicolas Henry (4, 5) , Cédric Berney (6, 7, 8) , Julie Poulain (9, 10) , Sarah Romac (11) , Guillaume Bourdin (12) , Hans-Joachim Ruscheweyh (13) , Guillem Salazar (13) , Caroline Belser (14) , Quentin Clayssen (15) , Benjamin C.C Hume (16) , Emilie Boissin (17) , Pierre Galand (18, 19) , Stéphane Pesant , Fabien Lombard (20) , Eric Armstrong (9, 21, 22) , Naama Lang Yona , Grace Klinges , Ryan Mcminds (23, 24, 25) , Rebecca Vega Thurber (25) , Clémentine Moulin (26) , Sylvain Agostini (27) , Bernard Banaigs , Emmanuel Boss (28) , Chris Bowler (21, 29) , Eric Douville , J. Michel Flores , Didier Forcioli , Paola Furla , Eric Gilson , Stéphanie Reynaud , Matthew Sullivan , Olivier Thomas , Romain Troublé , Didier Zoccola , Serge Planes , Denis Allemand , Shinichi Sunagawa , Christian Voolstra , Patrick Wincker (9) , Colomban de Vargas
1 UMR PHIM - Plant Health Institute of Montpellier
2 Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques
3 TU Kaiserslautern - Technische Universität Kaiserslautern
4 CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
5 CH Laval - Centre Hospitalier de Laval
6 SBR - Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
7 ABIMS - ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
8 FR2424 - Fédération de recherche de Roscoff
9 UMR 8030 - Génomique métabolique
10 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
11 ADMM - Adaptation et diversité en milieu marin
12 University of Maine
13 D-BIOL - Department of Biology [ETH Zürich]
14 LBGB - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
15 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
16 RSRC - Red Sea Research Centre
17 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
18 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
19 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
20 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
21 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
22 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
23 IRCAN - Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
24 MSI - Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
25 OSU - Oregon State University
26 Tara Expéditions
27 Shimoda Marine Research Center
28 University of Maine - School of Marine Sciences
29 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
Frédéric Mahé
Plant Health Institute of Montpellier
Département Systèmes Biologiques
Technische Universität Kaiserslautern
Nicolas Henry
Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
Centre Hospitalier de Laval
Cédric Berney
Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Fédération de recherche de Roscoff
Julie Poulain
Génomique métabolique
Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
Sarah Romac
  • Fonction : Auteur
Adaptation et diversité en milieu marin
Guillaume Bourdin
  • Fonction : Auteur
University of Maine
Hans-Joachim Ruscheweyh
Department of Biology [ETH Zürich]
Guillem Salazar
Department of Biology [ETH Zürich]
Caroline Belser
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
CV
Quentin Clayssen
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Benjamin C.C Hume
Red Sea Research Centre
Emilie Boissin
Laboratoire d'Excellence CORAIL
Pierre Galand
Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
Stéphane Pesant
Fabien Lombard
Laboratoire d'océanographie de Villefranche
CV
Eric Armstrong
Génomique métabolique
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
Naama Lang Yona
Grace Klinges
  • Fonction : Auteur
Ryan Mcminds
Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement
Maison de la Modélisation, de la Simulation et des Interactions [Sophia-Antipolis]
Oregon State University
Rebecca Vega Thurber
Oregon State University
Clémentine Moulin
  • Fonction : Auteur
Tara Expéditions
Sylvain Agostini
Shimoda Marine Research Center
Bernard Banaigs
Emmanuel Boss
University of Maine - School of Marine Sciences
Chris Bowler
Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
Institut de biologie de l'ENS Paris
CV
Eric Douville
CV
J. Michel Flores
Didier Forcioli
Paola Furla
Eric Gilson
Stéphanie Reynaud
Matthew Sullivan
Olivier Thomas
Romain Troublé
  • Fonction : Auteur
Didier Zoccola
Serge Planes
Denis Allemand
Shinichi Sunagawa
Christian Voolstra
Patrick Wincker
Génomique métabolique
CV
Colomban de Vargas
CV

Résumé

This data is the result of the primary analysis of the V9 18S rDNA metabarcoding sequencing data from the Tara Pacific expedition. The analysis was conducted using cutadapt, vsearch, swarm and lulu. Please refer to the readme file for more details.

Domaines

Sciences du Vivant [q-bio]

Caroline Menguy  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-04384095

Soumis le : mercredi 10 janvier 2024-08:30:34

Dernière modification le : lundi 9 décembre 2024-15:38:02

Fichier non déposé

Dates et versions

hal-04384095 , version 1 (10-01-2024)

Identifiants

Citer

Frédéric Mahé, Nicolas Henry, Cédric Berney, Julie Poulain, Sarah Romac, et al.. Tara Pacific V9 18S rDNA metabarcoding dataset. 2021, ⟨10.5281/zenodo.5041070⟩. ⟨hal-04384095⟩

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