Annotating host-microbiota interactions in scientific articles using semantic similarity to an ontology
Annotation d'interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie
Résumé
We are interested in the task of relation extraction in scientific articles on the subdomain of the human microbiome. In order to build an annotated corpus, we investigated the use of the OHMI ontology to detect the relations appearing in scientific article sentences by computing the semantic
similarity between the relations defined in the ontology and the sentences. The BERT model and three biomedical variations are used to compute the representations of both relations and sentences. These models are compared on a corpus built from full-text scientific articles from the ISTEX platform, with a small subpart being manually annotated.
Nous nous intéressons à l'extraction de relations, dans des articles scientifiques, portant sur le microbiome humain. Afin de construire un corpus annoté, nous avons évalué l'utilisation de l'ontologie OHMI pour détecter les relations présentes dans les phrases des articles scientifiques, en calculant la similarité sémantique entre les relations définies dans l'ontologie et les phrases des articles. Le modèle BERT et trois variantes biomédicales sont utilisés pour obtenir les représentations des relations et des phrases. Ces modèles sont comparés sur un corpus construit à partir d'articles scientifiques complets issus de la plateforme ISTEX, dont une petite sous-partie a été annotée manuellement.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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