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Article Dans Une Revue Journal of Medical Genetics Année : 2023

Update of the UMD-VHL database: classification of 164 challenging variants based on genotype–phenotype correlation among 605 entries

Mise à jour de la base de données UMD-VHL : classification de 164 variants difficiles sur la base de la corrélation génotype-phénotype parmi 605 entrées

Nelly Burnichon
  • Fonction : Collaborateur
Sophie Giraud
  • Fonction : Collaborateur
Alexandre Buffet
  • Fonction : Collaborateur
Anne-Paule Gimenez-Roqueplo
  • Fonction : Collaborateur

Résumé

Background The von Hippel-Lindau (VHL) disease is a hereditary tumour syndrome caused by germline mutations in VHL tumour suppressor gene. The identification of VHL variants requires accurate classification which has an impact on patient management and genetic counselling. Methods The TENGEN (French oncogenetics network of neuroendocrine tumors) and PREDIR (French National Cancer Institute network for Inherited predispositions to kidney cancer) networks have collected VHL genetic variants and clinical characteristics of all VHL-suspected patients analysed from 2003 to 2021 by one of the nine laboratories performing VHL genetic testing in France. Identified variants were registered in a locusspecific database, the Universal Mutation Database-VHL database (http://www.umd.be/VHL/). Results Here we report the expert classification of 164 variants, including all missense variants (n=124), all difficult interpretation variants (n=40) and their associated phenotypes. After initial American College of Medical Genetics classification, first-round classification was performed by the VHL expert group followed by a second round for discordant and ambiguous cases. Overall, the VHL experts modified the classification of 87 variants including 30 variants of uncertain significance that were as (likely)pathogenic variants for 19, and as likely benign for 11. Conclusion Consequently, this work has allowed the diagnosis and influenced the genetic counselling of 45 VHL-suspected families and can benefit to the worldwide VHL community, through this review.
La maladie de von Hippel-Lindau (VHL) est un syndrome tumoral héréditaire causé par des mutations germinales du gène suppresseur de tumeur VHL. L'identification des variants VHL nécessite une classification précise qui a un impact sur la prise en charge des patients et le conseil génétique. Méthodes: Les réseaux TENGEN (Réseau français d'oncogénétique des tumeurs neuroendocrines) et PREDIR (Réseau de prédispositions héréditaires au cancer du rein de l'Institut national du cancer) ont collecté les variants génétiques VHL et les caractéristiques cliniques de tous les patients VHL analysés entre 2003 et 2021 par l'un des neuf laboratoires réalisant des tests génétiques VHL en France. Les variants identifiés ont été enregistrés dans une base de données spécifique , la Universal Mutation Database-VHL database (http://www.umd.be/VHL/). Résultats: Nous rapportons ici la classification experte de 164 variants, incluant tous les variants faux-sens (n=124), tous les variants d'interprétation difficile (n=40) et leurs phénotypes associés. Après la classification initiale de l'American College of Medical Genetics, un premier tour de classification a été effectué par le groupe d'experts VHL, suivi d'un second tour pour les cas discordants et ambigus. Dans l'ensemble, les experts VHL ont modifié la classification de 87 variants, dont 30 variants de signification incertaine qui ont été considérés comme des variants pathogènes (probables) pour 19 d'entre eux, et comme des variants bénins probables pour 11 d'entre eux. Conclusion: En conséquence, ce travail a permis le diagnostic et influencé le conseil génétique de 45 familles soupçonnées d'être atteintes de VHL.
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Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Dates et versions

hal-04302654 , version 1 (23-11-2023)

Identifiants

Citer

Gregory Mougel, Amira Mohamed, Nelly Burnichon, Sophie Giraud, Pascal Pigny, et al.. Update of the UMD-VHL database: classification of 164 challenging variants based on genotype–phenotype correlation among 605 entries: Cancer genetics. Journal of Medical Genetics, In press, J Med Chem, ⟨10.1136/jmg-2023-109550⟩. ⟨hal-04302654⟩
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