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Pré-Publication, Document De Travail Année : 2023

TB-annotator: a scalable web application that allows in-depth analysis of very large sets of publicly available Mycobacterium tuberculosis complex genomes

TB-annotator : une application web évolutive qui permet une analyse approfondie de très grands ensembles de génomes complexes de Mycobacterium tuberculosis accessibles au public.

Résumé

Abstract Tuberculosis continues to be one of the most threatening bacterial diseases in the world. However, we currently have more than 160,000 Short Read Archives (SRAs) of Mycobacterium tuberculosis complex. Such a large amount of data should help to the understanding and the fight against this bacterium. To accomplish this, it would be necessary to thoroughly and comprehensively examine this significant mass of data. This is what TB-Annotator proposes to do, combining a database containing all the diversity of these 160,000 SRAs (at least, SRAs with a reasonable read size and quality), and a fully featured analysis platform to explore and query such a large amount of data. The objective of this article is to present this platform centered on the key notion of exclusivity, to show its numerous capacities (detection of single nucleotide variants, insertion sequences, deletion regions, spoligotyping, etc.) and its general functioning. We will compare TB-Annotator to existing tools for the study of tuberculosis, and show that its objectives are original and have no equivalent at present. The database on which it is based will be presented, with the numerous advanced search queries and screening capacities it offers, and the interest and originality of its phylogenetic tree navigation interface will be detailed. We will end this article with examples of the achievements made possible by the TB-Annotator, followed by avenues for future improvement.
Résumé La tuberculose reste l'une des maladies bactériennes les plus menaçantes au monde. Cependant, nous disposons actuellement de plus de 160 000 archives à lecture courte (SRA) du complexe Mycobacterium tuberculosis. Une telle quantité de données devrait contribuer à la compréhension et à la lutte contre cette bactérie. Pour ce faire, il serait nécessaire d'examiner de manière approfondie et complète cette masse importante de données. C'est ce que TB-Annotator propose de faire, en combinant une base de données contenant toute la diversité de ces 160.000 ARS (du moins, des ARS avec une taille et une qualité de lecture raisonnables), et une plateforme d'analyse complète permettant d'explorer et d'interroger une telle quantité de données. L'objectif de cet article est de présenter cette plateforme centrée sur la notion clé d'exclusivité, de montrer ses nombreuses capacités (détection de variants d'un seul nucléotide, de séquences d'insertion, de régions de délétion, spoligotyping, etc. Nous comparerons TB-Annotator aux outils existants pour l'étude de la tuberculose, et montrerons que ses objectifs sont originaux et n'ont pas d'équivalent à l'heure actuelle. La base de données sur laquelle il s'appuie sera présentée, avec les nombreuses requêtes de recherche avancée et les capacités de criblage qu'elle offre, et l'intérêt et l'originalité de son interface de navigation dans l'arbre phylogénétique seront détaillés. Nous terminerons cet article par des exemples de réalisations rendues possibles par le TB-Annotator, suivis de pistes d'amélioration pour l'avenir.

Dates et versions

hal-04244541 , version 1 (16-10-2023)

Identifiants

Citer

Gaetan Senelle, Christophe Guyeux, Guislaine Refrégier, Christophe Sola. TB-annotator: a scalable web application that allows in-depth analysis of very large sets of publicly available Mycobacterium tuberculosis complex genomes. 2023. ⟨hal-04244541⟩
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