Exome sequencing identifies breast cancer susceptibility genes and defines the contribution of coding variants to breast cancer risk - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2023

Exome sequencing identifies breast cancer susceptibility genes and defines the contribution of coding variants to breast cancer risk

Naomi Wilcox
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Martine Dumont
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Anna González-Neira
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Sara Carvalho
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Charles Joly Beauparlant
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Marco Crotti
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Craig Luccarini
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Penny Soucy
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Stéphane Dubois
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Rocío Nuñez-Torres
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Guillermo Pita
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Eugene J. Gardner
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Joe G. Dennis
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María Rosario Alonso
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Núria Álvarez
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Caroline Baynes
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Annie Claude Collin-Deschesnes
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Sylvie Desjardins
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Heiko Becher
Sabine Behrens
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Manjeet K. Bolla
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Jose Esteban Castelao
Jenny C. Chang-Claude
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Sten Cornelissen
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Thilo Dörk
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Christoph Engel
Manuela Gago-Dominguez
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Andreas Hadjisavvas
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Eric T. Hahnen
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Mikael L. Hartman
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Belén Herráez
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Kiat Tee Benita Tan
Veronique Kiak Mien Tan
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Suming Tan
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Geok Hoon Lim
Ernyu Tan
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Peh Joo Ho
Alexis Jiaying Khng
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Audrey Y. Jung
Renske Keeman
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Marion Brigitta Kiechle
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Jingmei Li
Maria A. Loizidou
Michael J. Lush
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Kyriaki Michailidou
Mihalis I. Panayiotidis
Xueling Sim
Soo Hwang Teo
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Jonathan P. Tyrer
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Lizet E. van der Kolk
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Cecilia Wahlström
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Qin Wang
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John R.B. Perry
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Javier J. Benitez
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Marjanka K. Schmidt
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Rita Katharina Schmutzler
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Paul D.P. Pharoah
Arnaud Droit
Alison M. Dunning
Anders Kvist
Peter P. Devilee
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Adamo P. Easton
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Jacques Simard

Résumé

Linkage and candidate gene studies have identified several breast cancer susceptibility genes, but the overall contribution of coding variation to breast cancer is unclear. To evaluate the role of rare coding variants more comprehensively, we performed a meta-analysis across three large whole-exome sequencing datasets, containing 26,368 female cases and 217,673 female controls. Burden tests were performed for protein-truncating and rare missense variants in 15,616 and 18,601 genes, respectively. Associations between protein-truncating variants and breast cancer were identified for the following six genes at exome-wide significance (P < 2.5 × 10−6): the five known susceptibility genes ATM, BRCA1, BRCA2, CHEK2 and PALB2, together with MAP3K1. Associations were also observed for LZTR1, ATR and BARD1 with P < 1 × 10−4. Associations between predicted deleterious rare missense or protein-truncating variants and breast cancer were additionally identified for CDKN2A at exome-wide significance. The overall contribution of coding variants in genes beyond the previously known genes is estimated to be small.
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Citer

Naomi Wilcox, Martine Dumont, Anna González-Neira, Sara Carvalho, Charles Joly Beauparlant, et al.. Exome sequencing identifies breast cancer susceptibility genes and defines the contribution of coding variants to breast cancer risk. Nature Genetics, 2023, ⟨10.1038/s41588-023-01466-z⟩. ⟨hal-04194816⟩
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