Exome Chip Meta-analysis Fine Maps Causal Variants and Elucidates the Genetic Architecture of Rare Coding Variants in Smoking and Alcohol Use - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Biological Psychiatry Année : 2019

Exome Chip Meta-analysis Fine Maps Causal Variants and Elucidates the Genetic Architecture of Rare Coding Variants in Smoking and Alcohol Use

David Brazel (1) , Yu Jiang (2) , Jordan Hughey (2) , Valérie Turcot (3, 4) , Xiaowei Zhan (5) , Jian Gong (6) , Chiara Batini (7) , J. Dylan Weissenkampen (2) , Mengzhen Liu (8) , Daniel Barnes (9) , Sarah Bertelsen (10) , Yi-Ling Chou (11) , A. Mesut Erzurumluoglu (7) , Jessica Faul (12) , Jeff Haessler (6) , Chris Hsu (13) , Manav Kapoor (10) , Dongbing Lai (14) , Nhung Le (15) , Christiaan de Leeuw (16) , Anu Loukola (17) , Massimo Mangino (18, 19) , Carl Melbourne , Giorgio Pistis , Beenish Qaiser , Rebecca Rohde , Yaming Shao , Heather Stringham , Leah Wetherill , Wei Zhao , Arpana Agrawal , Laura Bierut , Chu Chen , Charles Eaton , Alison Goate , Christopher Haiman , Andrew Heath , William Iacono , Nicholas Martin , Tinca Polderman , Alex Reiner , John Rice , David Schlessinger , H. Steven Scholte , Jennifer Smith , Jean-Claude Tardif , Hilary Tindle , Andries van der Leij , Michael Boehnke , Jenny Chang-Claude , Francesco Cucca , Sean David , Tatiana Foroud , Joanna M.M. Howson , Sharon L.R. Kardia , Charles Kooperberg , Markku Laakso , Guillaume Lettre , Pamela Madden , Matt Mcgue , Kari North , Danielle Posthuma , Timothy Spector , Daniel Stram , Martin Tobin , David Weir , Jaakko Kaprio , Gonçalo Abecasis , Dajiang Liu , Scott Vrieze , Praveen Surendran , Robin Young , Daniel Barnes , Sune Fallgaard Nielsen , Asif Rasheed , Maria Samuel , Wei Zhao , Jukka Kontto , Markus Perola , Muriel Caslake , Anton J.M. de Craen , Stella Trompet , Maria Uria-Nickelsen , Anders Malarstig , Dermot Reily , Maarten Hoek , Thomas Vogt , J. Wouter Jukema , Naveed Sattar , Ian Ford , Chris Packard , Dewan Alam , Abdulla Al Shafi Majumder , Emanuele Di Angelantonio , Rajiv Chowdhury , Philippe Amouyel (20) , Dominique Arveiler , Stefan Blankenberg , Jean Ferrières (21) , Frank Kee , Kari Kuulasmaa , Martina Müller-Nurasyid , Giovanni Veronesi , Jarmo Virtamo , Philippe Frossard , Børge Grønne Nordestgaard , Danish Saleheen , John Danesh , Adam Butterworth , Joanna M.M. Howson , A. Mesut Erzurumluoglu , Victoria Jackson , Carl Melbourne , Tibor Varga , Helen Warren , Vinicius Tragante , Ioanna Tachmazidou , Sarah Harris , Evangelos Evangelou , Jonathan Marten , Weihua Zhang , Elisabeth Altmaier , Jian’an Luan , Claudia Langenberg , Robert Scott , Hanieh Yaghootkar , Kathleen Stirrups , Stavroula Kanoni , Eirini Marouli , Fredrik Karpe , Anna Dominiczak , Peter Sever , Neil Poulter , Olov Rolandsson , Clemens Baumbach , Saima Afaq , John Chambers , Jaspal Kooner , Nicholas Wareham , Frida Renström , Göran Hallmans , Riccardo Marioni , Janie Corley , John Starr , Niek Verweij , Rudolf de Boer , Peter van der Meer , Ersin Yavas , Ilonca Vaartjes , Michiel Bots , Folkert Asselbergs , Hans Grabe , Henry Völzke , Matthias Nauck , Stefan Weiss , Paul D.P. Pharoah , Alison Dunning , Joe Dennis , Deborah Thompson , Kyriaki Michailidou , Douglas Easton , Antonis Antoniou , Jessica Tyrrell , Evelin Mihailov , Nilesh Samani , Kaixin Zhou , Matthew Neville , Andres Metspalu , Colin N.A. Palmer , Ian Hall , David Strachan , Ian Deary , Tim Frayling , Caroline Hayward , Pim van der Harst , Eleftheria Zeggini , Patricia Munroe , Jan-Håkan Jansson , Paul Franks , Panos Deloukas , Mark Caulfield , Louise Wain , Martin Tobin , Anke Hammerschlag
Chiara Batini
Mengzhen Liu
A. Mesut Erzurumluoglu
Carl Melbourne
  • Fonction : Auteur
Giorgio Pistis
Beenish Qaiser
  • Fonction : Auteur
Rebecca Rohde
  • Fonction : Auteur
Yaming Shao
  • Fonction : Auteur
Heather Stringham
Leah Wetherill
Wei Zhao
  • Fonction : Auteur
Arpana Agrawal
  • Fonction : Auteur
Laura Bierut
  • Fonction : Auteur
Chu Chen
  • Fonction : Auteur
Charles Eaton
  • Fonction : Auteur
Alison Goate
  • Fonction : Auteur
Christopher Haiman
  • Fonction : Auteur
Andrew Heath
  • Fonction : Auteur
William Iacono
  • Fonction : Auteur
Nicholas Martin
  • Fonction : Auteur
Tinca Polderman
  • Fonction : Auteur
Alex Reiner
  • Fonction : Auteur
John Rice
David Schlessinger
  • Fonction : Auteur
H. Steven Scholte
  • Fonction : Auteur
Jennifer Smith
  • Fonction : Auteur
Jean-Claude Tardif
  • Fonction : Auteur
Hilary Tindle
  • Fonction : Auteur
Andries van der Leij
  • Fonction : Auteur
Michael Boehnke
Jenny Chang-Claude
  • Fonction : Auteur
Francesco Cucca
  • Fonction : Auteur
Sean David
  • Fonction : Auteur
Tatiana Foroud
  • Fonction : Auteur
Joanna M.M. Howson
  • Fonction : Auteur
Sharon L.R. Kardia
  • Fonction : Auteur
Charles Kooperberg
  • Fonction : Auteur
Markku Laakso
  • Fonction : Auteur
Guillaume Lettre
  • Fonction : Auteur
Pamela Madden
  • Fonction : Auteur
Matt Mcgue
  • Fonction : Auteur
Kari North
  • Fonction : Auteur
Danielle Posthuma
  • Fonction : Auteur
Timothy Spector
  • Fonction : Auteur
Daniel Stram
  • Fonction : Auteur
Martin Tobin
  • Fonction : Auteur
David Weir
  • Fonction : Auteur
Jaakko Kaprio
Gonçalo Abecasis
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 948452
Dajiang Liu
  • Fonction : Auteur
Scott Vrieze
  • Fonction : Auteur
Praveen Surendran
  • Fonction : Auteur
Robin Young
  • Fonction : Auteur
Daniel Barnes
  • Fonction : Auteur
Sune Fallgaard Nielsen
  • Fonction : Auteur
Asif Rasheed
  • Fonction : Auteur
Maria Samuel
  • Fonction : Auteur
Wei Zhao
  • Fonction : Auteur
Jukka Kontto
  • Fonction : Auteur
Markus Perola
  • Fonction : Auteur
Muriel Caslake
  • Fonction : Auteur
Anton J.M. de Craen
  • Fonction : Auteur
Stella Trompet
  • Fonction : Auteur
Maria Uria-Nickelsen
  • Fonction : Auteur
Anders Malarstig
  • Fonction : Auteur
Dermot Reily
  • Fonction : Auteur
Maarten Hoek
  • Fonction : Auteur
Thomas Vogt
  • Fonction : Auteur
J. Wouter Jukema
  • Fonction : Auteur
Naveed Sattar
  • Fonction : Auteur
Ian Ford
  • Fonction : Auteur
Chris Packard
  • Fonction : Auteur
Dewan Alam
  • Fonction : Auteur
Abdulla Al Shafi Majumder
  • Fonction : Auteur
Emanuele Di Angelantonio
  • Fonction : Auteur
Rajiv Chowdhury
  • Fonction : Auteur
Dominique Arveiler
  • Fonction : Auteur
Stefan Blankenberg
  • Fonction : Auteur
Frank Kee
  • Fonction : Auteur
Kari Kuulasmaa
  • Fonction : Auteur
Martina Müller-Nurasyid
  • Fonction : Auteur
Giovanni Veronesi
  • Fonction : Auteur
Jarmo Virtamo
  • Fonction : Auteur
Philippe Frossard
  • Fonction : Auteur
Børge Grønne Nordestgaard
  • Fonction : Auteur
Danish Saleheen
  • Fonction : Auteur
John Danesh
  • Fonction : Auteur
Adam Butterworth
  • Fonction : Auteur
Joanna M.M. Howson
  • Fonction : Auteur
A. Mesut Erzurumluoglu
  • Fonction : Auteur
Victoria Jackson
  • Fonction : Auteur
Carl Melbourne
  • Fonction : Auteur
Tibor Varga
  • Fonction : Auteur
Helen Warren
  • Fonction : Auteur
Vinicius Tragante
  • Fonction : Auteur
Ioanna Tachmazidou
  • Fonction : Auteur
Sarah Harris
  • Fonction : Auteur
Evangelos Evangelou
  • Fonction : Auteur
Jonathan Marten
  • Fonction : Auteur
Weihua Zhang
  • Fonction : Auteur
Elisabeth Altmaier
  • Fonction : Auteur
Jian’an Luan
  • Fonction : Auteur
Claudia Langenberg
  • Fonction : Auteur
Robert Scott
  • Fonction : Auteur
Hanieh Yaghootkar
  • Fonction : Auteur
Kathleen Stirrups
  • Fonction : Auteur
Stavroula Kanoni
  • Fonction : Auteur
Eirini Marouli
  • Fonction : Auteur
Fredrik Karpe
  • Fonction : Auteur
Anna Dominiczak
  • Fonction : Auteur
Peter Sever
  • Fonction : Auteur
Neil Poulter
  • Fonction : Auteur
Olov Rolandsson
  • Fonction : Auteur
Clemens Baumbach
  • Fonction : Auteur
Saima Afaq
  • Fonction : Auteur
John Chambers
  • Fonction : Auteur
Jaspal Kooner
  • Fonction : Auteur
Nicholas Wareham
  • Fonction : Auteur
Frida Renström
  • Fonction : Auteur
Göran Hallmans
  • Fonction : Auteur
Riccardo Marioni
  • Fonction : Auteur
Janie Corley
  • Fonction : Auteur
John Starr
  • Fonction : Auteur
Niek Verweij
  • Fonction : Auteur
Rudolf de Boer
  • Fonction : Auteur
Peter van der Meer
  • Fonction : Auteur
Ersin Yavas
  • Fonction : Auteur
Ilonca Vaartjes
  • Fonction : Auteur
Michiel Bots
  • Fonction : Auteur
Folkert Asselbergs
  • Fonction : Auteur
Hans Grabe
  • Fonction : Auteur
Henry Völzke
  • Fonction : Auteur
Matthias Nauck
  • Fonction : Auteur
Stefan Weiss
  • Fonction : Auteur
Paul D.P. Pharoah
  • Fonction : Auteur
Alison Dunning
  • Fonction : Auteur
Joe Dennis
  • Fonction : Auteur
Deborah Thompson
  • Fonction : Auteur
Kyriaki Michailidou
  • Fonction : Auteur
Douglas Easton
  • Fonction : Auteur
Antonis Antoniou
  • Fonction : Auteur
Jessica Tyrrell
  • Fonction : Auteur
Evelin Mihailov
  • Fonction : Auteur
Nilesh Samani
  • Fonction : Auteur
Kaixin Zhou
  • Fonction : Auteur
Matthew Neville
  • Fonction : Auteur
Andres Metspalu
  • Fonction : Auteur
Colin N.A. Palmer
  • Fonction : Auteur
Ian Hall
  • Fonction : Auteur
David Strachan
  • Fonction : Auteur
Ian Deary
  • Fonction : Auteur
Tim Frayling
  • Fonction : Auteur
Caroline Hayward
  • Fonction : Auteur
Pim van der Harst
  • Fonction : Auteur
Eleftheria Zeggini
  • Fonction : Auteur
Patricia Munroe
  • Fonction : Auteur
Jan-Håkan Jansson
  • Fonction : Auteur
Paul Franks
  • Fonction : Auteur
Panos Deloukas
  • Fonction : Auteur
Mark Caulfield
  • Fonction : Auteur
Louise Wain
  • Fonction : Auteur
Martin Tobin
  • Fonction : Auteur
Anke Hammerschlag

Résumé

Background: Smoking and alcohol use have been associated with common genetic variants in multiple loci. Rare variants within these loci hold promise in the identification of biological mechanisms in substance use. Exome arrays and genotype imputation can now efficiently genotype rare nonsynonymous and loss of function variants. Such variants are expected to have deleterious functional consequences and to contribute to disease risk. Methods: We analyzed ∼250,000 rare variants from 16 independent studies genotyped with exome arrays and augmented this dataset with imputed data from the UK Biobank. Associations were tested for five phenotypes: cigarettes per day, pack-years, smoking initiation, age of smoking initiation, and alcoholic drinks per week. We conducted stratified heritability analyses, single-variant tests, and gene-based burden tests of nonsynonymous/loss-of-function coding variants. We performed a novel fine-mapping analysis to winnow the number of putative causal variants within associated loci. Results: Meta-analytic sample sizes ranged from 152,348 to 433,216, depending on the phenotype. Rare coding variation explained 1.1% to 2.2% of phenotypic variance, reflecting 11% to 18% of the total single nucleotide polymorphism heritability of these phenotypes. We identified 171 genome-wide associated loci across all phenotypes. Fine mapping identified putative causal variants with double base-pair resolution at 24 of these loci, and between three and 10 variants for 65 loci. Twenty loci contained rare coding variants in the 95% credible intervals. Conclusions: Rare coding variation significantly contributes to the heritability of smoking and alcohol use. Fine-mapping genome-wide association study loci identifies specific variants contributing to the biological etiology of substance use behavior.

Dates et versions

hal-04178614 , version 1 (08-08-2023)

Identifiants

Citer

David Brazel, Yu Jiang, Jordan Hughey, Valérie Turcot, Xiaowei Zhan, et al.. Exome Chip Meta-analysis Fine Maps Causal Variants and Elucidates the Genetic Architecture of Rare Coding Variants in Smoking and Alcohol Use. Biological Psychiatry, 2019, 85 (11), pp.946-955. ⟨10.1016/j.biopsych.2018.11.024⟩. ⟨hal-04178614⟩
11 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Mastodon Facebook X LinkedIn More