Integrative omics framework for characterization of coral reef ecosystems from the Tara Pacific expedition
Caroline Belser
(1, 2)
,
Julie Poulain
(3, 2)
,
Karine Labadie
(4, 2)
,
Frederick Gavory
(1, 2)
,
Adriana Alberti
,
Julie Guy
(4)
,
Quentin Carradec
(2, 3)
,
Corinne Cruaud
(4)
,
Corinne da Silva
(1, 2)
,
Stefan Engelen
(1, 2)
,
Paul Mielle
(5)
,
Aude Perdereau
(4)
,
Gaelle Samson
(4)
,
Shahinaz Gas
(4)
,
Julie Batisse
,
Odette Beluche
(4)
,
Laurie Bertrand
(6, 2)
,
Chloé Bohers
,
Isabelle Bordelais
,
Elodie Brun
(4)
,
Maria Dubois
,
Corinne Dumont
,
El Hajji Zineb
,
Barbara Estrada
,
Evelyne Ettedgui
,
Patricia Fernandez
,
Sonia Garidi
,
Thomas Guérin
,
Kevin Gorrichon
,
Chadia Hamon
,
Lucille Kientzel
,
Sandrine Lebled
,
Chloé Legrain
,
Patricia Lenoble
,
Marine Lepretre
,
Claudine Louesse
,
Ghislaine Magdelenat
,
Eric Mahieu
,
Nathalie Martins
,
Claire Milani
,
Céline Orvain
,
Sophie Oztas
,
Emilie Payen
,
Emmanuelle Petit
,
Guillaume Rio
,
Dominique Robert
,
Muriel Ronsin
,
Benoit Vacherie
,
Christian Voolstra
,
Pierre Galand
(7)
,
J. Michel Flores
,
Benjamin Hume
,
Gabriela Perna
,
Maren Ziegler
,
Hans-Joachim Ruscheweyh
,
Emilie Boissin
(8, 9)
,
Sarah Romac
,
Guillaume Bourdin
,
Guillaume Iwankow
,
Clémentine Moulin
,
David Paz García
,
Sylvain Agostini
,
Bernard Banaigs
,
Emmanuel Boss
,
Chris Bowler
(2, 10)
,
Colomban de Vargas
,
Éric Douville
(11, 12)
,
Didier Forcioli
,
Paola Furla
,
Eric Gilson
,
Fabien Lombard
(13)
,
Stéphane Pesant
,
Stéphanie Reynaud
,
Shinichi Sunagawa
,
Olivier Thomas
,
Romain Troublé
,
Rebecca Vega Thurber
,
Didier Zoccola
,
Claude Scarpelli
,
E’ Krame Jacoby
,
Pedro Oliveira
,
Jean-Marc Aury
(1, 2)
,
Denis Allemand
,
Serge Planes
(8, 9)
,
Patrick Wincker
(6)
1
LBGB -
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
4 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
5 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
6 UMR 8030 - Génomique métabolique
7 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
10 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
11 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
12 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
13 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
2 GOSEE - Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans
3 LAGE - Laboratoire d'Analyses Génomiques des Eucaryotes
4 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
5 CNRGH - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
6 UMR 8030 - Génomique métabolique
7 LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques
8 CRIOBE - Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement
9 LabEX CORAIL - Laboratoire d'Excellence CORAIL
10 IBENS - Institut de biologie de l'ENS Paris
11 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]
12 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie
13 LOV - Laboratoire d'océanographie de Villefranche
Caroline Belser
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 1146293
- IdHAL : caroline-menguy
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Julie Poulain
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 756903
- IdHAL : julie-poulain
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- IdRef : 061407232
Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
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- IdRef : 089020235
Frederick Gavory
- Fonction : Auteur
- PersonId : 957145
- IdHAL : frederick-gavory
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Adriana Alberti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183113
- IdHAL : adriana-alberti
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Quentin Carradec
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183100
- IdHAL : quentin-carradec
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- IdRef : 181215942
Corinne Cruaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768749
- ORCID : 0000-0002-4752-7278
Corinne da Silva
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908690
- IdHAL : corinne-da-silva
Stefan Engelen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1322751
- IdHAL : sengelen
Aude Perdereau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1269774
- IdHAL : aperdereau
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- IdRef : 156887509
Julie Batisse
- Fonction : Auteur
Laurie Bertrand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1338575
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Chloé Bohers
- Fonction : Auteur
Isabelle Bordelais
- Fonction : Auteur
Maria Dubois
- Fonction : Auteur
Corinne Dumont
- Fonction : Auteur
El Hajji Zineb
- Fonction : Auteur
Barbara Estrada
- Fonction : Auteur
Evelyne Ettedgui
- Fonction : Auteur
Patricia Fernandez
- Fonction : Auteur
Sonia Garidi
- Fonction : Auteur
Thomas Guérin
- Fonction : Auteur
Kevin Gorrichon
- Fonction : Auteur
Chadia Hamon
- Fonction : Auteur
Lucille Kientzel
- Fonction : Auteur
Sandrine Lebled
- Fonction : Auteur
Chloé Legrain
- Fonction : Auteur
Patricia Lenoble
- Fonction : Auteur
Marine Lepretre
- Fonction : Auteur
Claudine Louesse
- Fonction : Auteur
Ghislaine Magdelenat
- Fonction : Auteur
Eric Mahieu
- Fonction : Auteur
Nathalie Martins
- Fonction : Auteur
Claire Milani
- Fonction : Auteur
Céline Orvain
- Fonction : Auteur
Sophie Oztas
- Fonction : Auteur
Emilie Payen
- Fonction : Auteur
Emmanuelle Petit
- Fonction : Auteur
Guillaume Rio
- Fonction : Auteur
Dominique Robert
- Fonction : Auteur
Muriel Ronsin
- Fonction : Auteur
Benoit Vacherie
- Fonction : Auteur
Christian Voolstra
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1151208
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Pierre Galand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736022
- IdHAL : pierre-galand
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- IdRef : 175353360
J. Michel Flores
- Fonction : Auteur
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Benjamin Hume
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270711
- ORCID : 0000-0001-7753-3903
Gabriela Perna
- Fonction : Auteur
Maren Ziegler
- Fonction : Auteur
Hans-Joachim Ruscheweyh
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1166121
- ORCID : 0000-0001-7473-6086
Emilie Boissin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 773657
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- IdRef : 131975765
Sarah Romac
- Fonction : Auteur
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Guillaume Bourdin
- Fonction : Auteur
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Guillaume Iwankow
- Fonction : Auteur
Clémentine Moulin
- Fonction : Auteur
David Paz García
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1270714
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Sylvain Agostini
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187813
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Bernard Banaigs
- Fonction : Auteur
Emmanuel Boss
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774380
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Chris Bowler
- Fonction : Auteur
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Colomban de Vargas
- Fonction : Auteur
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Éric Douville
- Fonction : Auteur
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Didier Forcioli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187815
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Paola Furla
- Fonction : Auteur
Eric Gilson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756418
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Fabien Lombard
- Fonction : Auteur
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Stéphane Pesant
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1121589
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Stéphanie Reynaud
- Fonction : Auteur
Shinichi Sunagawa
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1166109
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Olivier Thomas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755890
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Romain Troublé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1166133
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Rebecca Vega Thurber
- Fonction : Auteur
Didier Zoccola
- Fonction : Auteur
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- IdRef : 153239379
Claude Scarpelli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1272396
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E’ Krame Jacoby
- Fonction : Auteur
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
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Denis Allemand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187812
- ORCID : 0000-0002-3089-4290
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757160
- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Résumé
Abstract Coral reef science is a fast-growing field propelled by the need to better understand coral health and resilience to devise strategies to slow reef loss resulting from environmental stresses. Key to coral resilience are the symbiotic interactions established within a complex holobiont, i.e . the multipartite assemblages comprising the coral host organism, endosymbiotic dinoflagellates, bacteria, archaea, fungi, and viruses. Tara Pacific is an ambitious project built upon the experience of previous Tara Oceans expeditions, and leveraging state-of-the-art sequencing technologies and analyses to dissect the biodiversity and biocomplexity of the coral holobiont screened across most archipelagos spread throughout the entire Pacific Ocean. Here we detail the Tara Pacific workflow for multi-omics data generation, from sample handling to nucleotide sequence data generation and deposition. This unique multidimensional framework also includes a large amount of concomitant metadata collected side-by-side that provide new assessments of coral reef biodiversity including micro-biodiversity and shape future investigations of coral reef dynamics and their fate in the Anthropocene.
Domaines
Sciences de l'environnementOrigine | Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte |
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