Annotation d'interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2023

Annotation d'interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie

Résumé

Nous nous intéressons à l'extraction de relations, dans des articles scientifiques, portant sur le microbiome humain. Afin de construire un corpus annoté, nous avons évalué l'utilisation de l'ontologie OHMI pour détecter les relations présentes dans les phrases des articles scientifiques, en calculant la similarité sémantique entre les relations définies dans l'ontologie et les phrases des articles. Le modèle BERT et trois variantes biomédicales sont utilisés pour obtenir les représentations des relations et des phrases. Ces modèles sont comparés sur un corpus construit à partir d'articles scientifiques complets issus de la plateforme ISTEX, dont une sous-partie a été annotée manuellement.
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Origine Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Dates et versions

hal-04131596 , version 1 (20-06-2023)

Identifiants

  • HAL Id : hal-04131596 , version 1

Citer

Oumaima El Khettari, Solen Quiniou, Samuel Chaffron. Annotation d'interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie. 18e Conférence en Recherche d'Information et Applications -- 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI -- 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles -- 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, 2023, Paris, France. pp.21-26. ⟨hal-04131596⟩
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