Nos connaissances sur les populations d’Afrique sub-saharienne des périodes précédant la colonisation européenne sont limitées. Peu de sites archéologiques contenant des restes humains ont été identifiés, et les sources écrites pour ces périodes sont rares. La découverte en 2018 de la grotte sépulcrale d’Iroungou (Gabon), dont l’utilisation remonte au XIVe-XVe siècles, avant l’arrivée des Portugais, constitue une source d’information exceptionnelle : au moins 28 individus associés à de nombreux artefacts métalliques y ont été retrouvés. Les restes anthropobiologiques ont été laissés in situ, néanmoins, les huit crânes les mieux préservés ont été numérisés. Cette étude s’intéresse aux affinités populationnelles de ces crânes, dont la morphologie a été décrite à l’aide de 237 points-repères répartis sur le massif facial supérieur et le calvarium. Des analyses par morphométrie géométrique ont permis de comparer les spécimens d’Iroungou avec 154 individus représentants 12 populations africaines bien définies. Après alignement des conformations (analyse Procrustes généralisée), l’affinité morphologique a été évaluée à l’aide des distances procrustes, euclidienne et mahalanobis, ainsi que des probabilités postérieures d’appartenance à une population (analyse discriminante). Les résultats indiquent que les huit crânes d’Iroungou présentent en moyenne plus d’affinités avec les populations pygmées Bayaka, suivies des bantus d’Afrique centrale. Cette affinité moyenne recouvre une réalité complexe : la population d’Iroungou est la plus hétérogène de notre échantillon et les huit crânes peuvent être séparés en différents groupes d’affinités : avec les Bayakas et les Bantus d’Afrique Centrale, les KhoeSan, et avec les Bantus d’Afrique de l’est. Enfin, un individu présente une affinité très forte avec les Somalis de notre échantillon. Cette cartographie phénétique de la population d’Iroungou interroge sur le profil des individus déposés dans la grotte dans une zone géographique connue pour ses royaumes précoloniaux dont les relations avec les populations pygmées sont mal connues.