Le diagnostic archéologique conduit à l’emplacement de l’hôtel Scipion, au n° 13 de la rue Scipion, Paris 5e arrondissement, a permis de restreindre l’étendue de la nécropole antique et alto-médiévale Saint-Marcel. Les terrains, en périphérie de la cité parisienne et en marge du bourg Saint-Marcel, à proximité de la Bièvre, semblent libres de toute installation, les premiers indices de fréquentation, si ce n’est d’occupation, sont matérialisés par l’inclusion dans des limons bruns sombres homogènes de mobilier céramique gallo-romain, et exceptionnellement protohistorique, de restes de terres cuites architecturales antiques résiduelles et de restes de céramiques alto-médiévales ou médiévales. L’emprise semble bénéficier d’une urbanisation relativement tardive avec une formation parcellaire délimitée par des voies figurées progressivement dans les plans des XVIe et XVIIe siècles. La présence de fossés antérieurs suggère néanmoins une organisation de cet espace périurbain. Quelques structures (fosses, puits ou murs) attestent d’une occupation progressive, probablement d’arrière cour ou de jardin. Les niveaux archéologiques antérieurs à la construction de l’hôtel particulier, hôtel de Bulles puis Hôtel Scipion du début du XVIe siècle sont ainsi préservés dans l’espace de la cour. Celle-ci est scellée par des pavés au XVIe s. puis rehaussée au plus tard à la fin du XVIIIe s. Plusieurs états des constructions antérieures, particulièrement aux abords des corps de logis existants (ailes Scipion, Médicis ou Vésale) sont conservés tout comme des niveaux d’occupation et de remblaiement, y compris sous certaines des constructions actuelles (aile Renaissance, extrémité nord de l’aile Scipion). Le bâtiment conserve des dispositifs techniques des ouvrages industriels du XIXe s., dont les soubassements d’une batterie de fours accolée à l’aile Médicis, une deuxième galerie technique (partiellement remblayée lors de la démolition des fours au XXe s.) sous cette même aile et diverses installations dans les sous-sols nord. Enfin, l’histoire de ce bâtiment renferme aussi une infrastructure particulière mise en place lors de la deuxième guerre mondiale pour assurer la protection des civils.