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Communication Dans Un Congrès Année : 2022

Développements pour la protéomique végétale à haut-débit

Résumé

Dans le contexte actuel de changement climatique et d'augmentation de la population humaine, l'amélioration végétale doit permettre de sécuriser les rendements des cultures tout en assurant une alimentation saine et durable aux consommateurs. Longtemps basées sur les seuls marqueurs génétiques, les méthodes de sélection végétale se tournent de plus en plus vers l'exploitation de données omiques collectées en aval du génome. Outre leur apport pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans l'élaboration des caractères d'intérêt agronomique, les données omiques permettent d'acquérir des endophénotypes (i.e. des mesures de caractères moléculaires), ouvrant ainsi l'accès à de nouvelles variations génétiques potentiellement intéressantes. Elles permettent également de mieux appréhender les interactions génotype x environnement (GxE) et ouvrent des perspectives pour affiner des modèles de prédiction phénotypique. Jusqu’à présent, ce sont principalement les données issues de la transcriptomique et de la métabolomique qui ont été utilisées dans ce type d’application. En raison du rôle essentiel des protéines dans l’ensemble des processus cellulaires et des régulations post-traductionnelles qu'elles intègrent, les données de protéomique devraient tenir une place importante dans ce type d'approche. Leur utilisation reste cependant limitée. Le verrou principal est lié à l'enchaînement d'étapes interdépendantes techniquement complexes qui impose un faible débit à la protéomique : de la préparation de l'échantillon à la chromatographie liquide hautes performances en couplage avec la spectrométrie de masse. La capacité des logiciels de bioinformatique à traiter des données de protéomique massives représente une autre limitation à l'utilisation de la protéomique à haut-débit. Nous présenterons ici les pistes explorées par la plateforme de protéomique PAPPSO pour élaborer des méthodes de préparation d'échantillon et d’analyse par spectrométrie de masse à haut-débit. Nous ferons également un panorama des derniers développements effectués sur les outils bioinformatiques de PAPPSO afin pouvoir traiter des données de protéomique massives.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-03878360 , version 1 (29-11-2022)

Licence

Paternité - Pas d'utilisation commerciale

Identifiants

  • HAL Id : hal-03878360 , version 1

Citer

Melisande Blein-Nicolas, Olivier Langella, Thomas Renne, Thierry Balliau, Marlène Davanture, et al.. Développements pour la protéomique végétale à haut-débit. Journées du Protéome Vert, Jun 2022, Gif-sur-Yette, France. ⟨hal-03878360⟩
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