Les instructions du voyage de Baudin concernant les sciences de l’homme ont été rédigées d’une part par Cuvier (« Note instructive sur les recherches à faire relativement aux différences anatomiques des diverses races d’hommes »), et de l’autre par De Gérando (« Considérations sur les diverses méthodes à suivre dans l’observation des peuples sauvages »). Dans les deux cas, ces indications émanaient de la Société des observateurs de l’homme et s’adressaient à des hommes de science. Dans les descriptions faites par Baudin, Bory de Saint-Vincent ou Péron, ces instructions ont-elles eu un impact, induit un bouleversement des regards, une approche systématique plus scientifique ? François Péron avait proposé lui aussi, dans le but d’être recruté pour cette expédition, un programme d’« Observations sur l’anthropologie ou l’histoire naturelle, la nécessité de s’occuper de l’avancement de cette science, et l’importance de l’admission sur la flotte du capitaine Baudin d’un ou de plusieurs naturalistes, spécialement chargés des recherches à faire sur ce sujet. » Il s’agissait alors bien davantage de procéder à des mesures, des observations de la « physionomie », morphologiques et anatomiques, en relation avec le climat et les modes de vie. Ces théories anciennes étaient sous-tendues par les principes des idéologues de leur époque. Cependant, dans cette « anthropologie » des individus et des groupes humains, on essaie de déterminer la part de la morphologie et de l’écologie (comme s’il s’agissait d’espèces animales, ce qui peut conduire à des considérations raciales) – autrement dit de la nature –, et la part de ce qui devait s’appeler l’ethnologie, susceptible de conduire à la connaissance des différentes sociétés humaines – la culture.