Centré sur l’époque romaine, le programme conduit par la mission française a pour objectif d’explorer, selon une approche synchronique, l’occupation de Bouto à l’époque impériale, suivant trois composantes majeures de la vie urbaine (habitat, activités de production, nécropole), appréhendées à la lumière de ses relations interrégionales et méditerranéennes ; une approche diachronique sur le paléoenvironnement, envisagée sur le temps long, étant menée en collaboration avec le DAIK (géomorphologie, sédimentologie, géophysique). La mission française intervient sur le site en coopération avec le Deutsches Archäologisches Institut Kairo (DAIK), détenteur d’une partie de la concession du site, et le ministère du Tourisme et des Antiquités égyptiennes (MoTA ; inspectorat de Kafr el‑Scheikh). Elle fait partie des programmes de l’Institut français d’archéologie orientale (Ifao ; programme 17112) et, à ce titre, bénéficie de son appui, ainsi que de ceux du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères (MEAE), de l’université de Paris Nanterre (UMR 7041 ArScAn‑ESPRI), de l’université de Poitiers (EA 3811 HeRMA) et du Centre d’études alexandrines (USR 3134 CEAlex). Le programme est porté administrativement auprès du ministère du Tourisme et des Antiquités égyptiennes (MoTA) par le DAI qui détient les concessions des kôms A et C, institut avec lequel des dossiers et des projets sont menés en collaboration, en particulier en ce qui concerne la numismatique, l’archéobotanique, la géophysique et la géomorphologie.