Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Journal of Structural Biology Année : 2016

Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy

J. M. de La Rosa-Trevin
  • Fonction : Auteur
A. Quintana
  • Fonction : Auteur
L. del Cano
  • Fonction : Auteur
A. Zaldivar
  • Fonction : Auteur
I. Foche
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J. Gutierrez
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J. Gomez-Blanco
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J. Burguet-Castell
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J. Cuenca-Alba
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V. Abrishami
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J. Vargas
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J. Oton
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J. L. Vilas
  • Fonction : Auteur
J. Navas
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P. Conesa
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M. Kazemi
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R. Marabini
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C. O. Sorzano
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J. M. Carazo
  • Fonction : Auteur

Résumé

In the past few years, 3D electron microscopy (3DEM) has undergone a revolution in instrumentation and methodology. One of the central players in this wide-reaching change is the continuous development of image processing software. Here we present Scipion, a software framework for integrating several 3DEM software packages through a workflow-based approach. Scipion allows the execution of reusable, standardized, traceable and reproducible image-processing protocols. These protocols incorporate tools from different programs while providing full interoperability among them. Scipion is an open-source project that can be downloaded from http://scipion.cnb.csic.es.

Dates et versions

hal-03680494 , version 1 (27-05-2022)

Identifiants

Citer

J. M. de La Rosa-Trevin, A. Quintana, L. del Cano, A. Zaldivar, I. Foche, et al.. Scipion: A software framework toward integration, reproducibility and validation in 3D electron microscopy. Journal of Structural Biology, 2016, 195 (1), pp.93-9. ⟨10.1016/j.jsb.2016.04.010⟩. ⟨hal-03680494⟩
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