Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Journal of Medical Virology Année : 2022

Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics

Cinétique intra-hôte des variants du SARS-CoV2

Résumé

Since early 2021, SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) have been causing epidemic rebounds in many countries. Their properties are well characterised at the epidemiological level but the potential underlying within-host determinants remain poorly understood. We analyse a longitudinal cohort of 6,944 individuals with 14,304 cycle threshold (Ct) values of RT-qPCR VOC screening tests performed in the general population and hospitals in France between February 6 and August 21, 2021. To convert Ct values into numbers of virus copies, we performed an additional analysis using droplet digital PCR (ddPCR). We find that the number of viral genome copies reaches a higher peak value and has a slower decay rate in infections caused by Alpha variant compared to that caused by historical lineages. Following the evidence that viral genome copies in upper respiratory tract swabs are informative on contagiousness, we show that the kinetics of the Alpha variant translate into significantly higher transmission potentials, especially in older populations. Finally, comparing infections caused by the Alpha and Delta variants, we find no significant difference in the peak viral copy number. These results highlight that some of the differences between variants may be detected in virus load variations.
Depuis le début de l'année 2021, les variants préoccupants du SRAS-CoV-2 (VOC) provoquent des rebonds épidémiques dans de nombreux pays. Leurs propriétés sont bien caractérisées au niveau épidémiologique, mais les déterminants potentiels au niveau intra-hôte restent mal compris. Nous analysons une cohorte longitudinale de 6 944 individus avec 14 304 valeurs de cycle threshold (Ct) de tests de dépistage des COV par RT-qPCR réalisés dans la population générale et les hôpitaux en France entre le 6 février et le 21 août 2021. Pour convertir les valeurs Ct en nombre de copies virales, nous avons effectué une analyse supplémentaire en utilisant la PCR digitale. Nous constatons que le nombre de copies du génome viral atteint un pic plus élevé et présente un taux de décroissance plus lent dans les infections causées par le variant Alpha par rapport à celles causées par les lignées historiques. En se basant sur certaines observations montrant que le nombre copies virales dans les écouvillons des voies respiratoires supérieures sont informatives sur la contagiosité, nous montrons que la cinétique du variant Alpha se traduit par des potentiels de transmission significativement plus élevés, en particulier dans les populations plus âgées. Enfin, en comparant les infections causées par les variants Alpha et Delta, nous ne trouvons pas de différence significative dans le nombre maximal de copies virales. Ces résultats soulignent que certaines des différences entre les variants peuvent être détectées dans les variations de la charge virale.
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SARS_CoV2_within_host_wildtype_alpha_delta_v2_nolineno.pdf (1.26 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03651890 , version 1 (26-04-2022)

Identifiants

Citer

Baptiste Elie, Bénédicte Roquebert, Mircea T Sofonea, Sabine Trombert-Paolantoni, Vincent Foulongne, et al.. Variant‐specific SARS‐CoV‐2 within‐host kinetics. Journal of Medical Virology, 2022, 94 (8), pp.3625-3633. ⟨10.1002/jmv.27757⟩. ⟨hal-03651890⟩
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