Introducción. La contaminación por compuestos orgánicos persistentes (COP) y metales pesados en aguas y suelos es un serio problema ambiental. El objetivo fue evaluar el empleo de microorganismos (autóctonos y de colección) y sus productos en la remoción de estos contaminantes. Métodos. Los microorganismos autóctonos se aislaron mediante enriqueci- miento secuencial. La cuantificación de ramnolípidos y clorofenoles se realizó por métodos colorimétricos y la remoción de hidrocarburos se cuantificó gravimétricamente. Los metales se determinaron por absorción atómica con plasma (AAS-ICP). Resultados. El ramnolípido producido por Pseudomonas aeruginosa ORA9 removió más del 50 % del cobre presente en aguas y el 75 % de los hidrocarburos de suelos contaminados. Asimismo, el empleo de 4 cepas bacterianas y bacterias rizosféricas aisladas de suelos contaminados permitieron hasta un 84 % y 72 % de remoción de hidrocarburos y de degradación del herbicida ácido 2,4-diclorofenoxiacético (2,4-D), respectivamente. Por otra parte, se comprobó la efectividad del empleo de sistemas biológicos para el tratamiento de las aguas contaminadas con hi- drocarburos y metales pesados, obteniéndose porcentajes de remoción de hidrocarburos de 60 % y 84 % con un biorreactor Airlift diseñado y un sistema de reactores aerobio/ anaerobio, respectivamente. Finalmente, utilizando biomasa microbiana seca, se extra- jo el 52 %, 23 % y 14 % de los metales cobre, zinc y manganeso, respectivamente, pre- sentes en aguas contaminadas. Como conclusión los resultados de esta investigación constituyen los fundamentos científicos para implementar un paquete tecnológico para la remediación de sitios contaminados con COP y metales pesados utilizando microor- ganismos.