ICEscreen
ICEscreen
Résumé
ICEscreen is a bioinformatic pipeline for the detection and annotation of ICEs (Integrative and Conjugative Elements) and IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) in Firmicutes genomes.
Main features of ICEscreen:
- Detection of signature proteins (SPs) of ICEs/IMEs by using blastP on a curated resource. BlastP allows for an accurate assignment of hits to a given ICE/IME superfamily or family. The curated resource was derived from an analysis of over 120 ICEs and IMEs in Streptococcus genomes by the DynAMic lab at Nancy.
- Detection of distant homologs of SPs by using HMM profiles of ICEs/IMEs protein families. The HMM profiles have been either imported from trusted resources or created and curated when needed.
- Detection of the ICE/IME structures: ICEScreen groups together SPs that belong to the same ICE/IME structures to the best of its ability.
- Delimitation of the elements at the gene or nucleotide level is not yet implemented and still needs manual curation.
ICEscreen est un logiciel bioinformatique pour la détection et l'annotation des ICE (Integrative and Conjugative Elements) et des IME (Integrative and Mobilizable Elements) dans les génomes de Firmicutes. Les principales caractéristiques de ICEscreen sont :
- Détection des protéines signature (SP) des ICE/IME en utilisant blastP sur un jeu de donnée de référence curé. BlastP permet une attribution précise des superfamilles et familles ICE/IME. Le jeu de donnée de référence curé est dérivé d'une analyse de plus de 120 ICE et IME dans les génomes de Streptococcus par le laboratoire DynAMic de Nancy.
- Détection de homologues distants en utilisant les profils HMM des familles de protéines SP. Les profils HMM ont été importés à partir de ressources fiables (PFAM) ou on été créés et curés.
- Détection des structures ICE/IME : ICEScreen regroupe les SP appartenant aux mêmes structures ICE/IME.
- La délimitation des éléments au niveau du gène ou du nucléotide n'est pas encore implémentée et nécessite une curation manuelle.
