Calibration of Pathogenicity Due to Variant-Induced Leaky Splicing Defects by Using BRCA2 Exon 3 as a Model System
Hélène Tubeuf
(1)
,
Sandrine M. Caputo
(2, 3)
,
Teresa Sullivan
(4)
,
Julie Rondeaux
(1)
,
Sophie Krieger
(1, 5)
,
Virginie Caux-Moncoutier
(2, 3)
,
Julie Hauchard
(1)
,
Gaia Castelain
(1)
,
Alice Fiévet
(6, 7, 8)
,
Laëtitia Meulemans
(1)
,
Françoise Révillion
(9)
,
Mélanie Léoné
(10)
,
Nadia Boutry-Kryza
(10)
,
Capucine Delnatte
(11)
,
Marine Guillaud-Bataille
(7, 8)
,
Linda Cleveland
(4)
,
Susan Reid
(4)
,
Eileen Southon
(4)
,
Omar Soukarieh
(1)
,
Aurélie Drouet
(1)
,
Daniela Di Giacomo
(1)
,
Myriam Vezain
(1)
,
Françoise Bonnet-Dorion
(12)
,
Violaine Bourdon
(13)
,
Hélène Larbre
(14)
,
Danièle Muller
(15)
,
Pascal Pujol
(16, 17)
,
Fátima Vaz
,
Séverine Audebert-Bellanger
(18)
,
Chrystelle Colas
(2, 3)
,
Laurence Venat-Bouvet
(19)
,
Angela Rosaria Solano
(20)
,
Dominique Stoppa-Lyonnet
(2, 6)
,
Claude Houdayer
(1)
,
Thierry Frebourg
(1)
,
Pascaline Gaildrat
(1)
,
Shyam Sharan
(4)
,
Alexandra Martins
(1)
1
GPMCND -
Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
2 Centre de recherche de l'Institut Curie [Paris]
3 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
4 National Cancer Institute Frederick
5 UNICANCER/CRLC - Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen]
6 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
7 Département de médecine oncologique [Gustave Roussy]
8 Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy]
9 UNICANCER/Lille - Centre Régional de Lutte contre le Cancer Oscar Lambret [Lille]
10 HCL - Hospices Civils de Lyon
11 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
12 ACTION - Actions for OnCogenesis understanding and Target Identification in ONcology
13 IPC - Institut Paoli-Calmettes
14 Institut Jean Godinot [Reims]
15 CRLCC Paul Strauss - Centre Paul Strauss
16 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
17 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
18 CHU - BREST - Hôpital Morvan - CHRU de Brest
19 Hôpital Dupuytren [CHU Limoges]
20 CEMIC - Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas
2 Centre de recherche de l'Institut Curie [Paris]
3 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
4 National Cancer Institute Frederick
5 UNICANCER/CRLC - Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen]
6 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
7 Département de médecine oncologique [Gustave Roussy]
8 Département de biologie et pathologie médicales [Gustave Roussy]
9 UNICANCER/Lille - Centre Régional de Lutte contre le Cancer Oscar Lambret [Lille]
10 HCL - Hospices Civils de Lyon
11 CHU Nantes - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
12 ACTION - Actions for OnCogenesis understanding and Target Identification in ONcology
13 IPC - Institut Paoli-Calmettes
14 Institut Jean Godinot [Reims]
15 CRLCC Paul Strauss - Centre Paul Strauss
16 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
17 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
18 CHU - BREST - Hôpital Morvan - CHRU de Brest
19 Hôpital Dupuytren [CHU Limoges]
20 CEMIC - Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas
Virginie Caux-Moncoutier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 907326
Alice Fiévet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 803001
- ORCID : 0000-0003-2096-8708
Daniela Di Giacomo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 934057
Myriam Vezain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 178359
- IdHAL : myriam-vezain
- ORCID : 0000-0002-8333-1360
- IdRef : 150719892
Pascal Pujol
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756985
- ORCID : 0000-0001-8315-4715
Fátima Vaz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 871475
Chrystelle Colas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 928992
Dominique Stoppa-Lyonnet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770393
- ORCID : 0000-0002-5438-8309
- IdRef : 050298550
Thierry Frebourg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 902596
Pascaline Gaildrat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 889701
Alexandra Martins
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 178491
- IdHAL : alexandra-martins
- ORCID : 0000-0003-4322-8497
- IdRef : 193598175
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Résumé
BRCA2 is a clinically actionable gene implicated in breast and ovarian cancer predisposition that has become a high priority target for improving the classification of variants of unknown significance (VUS). Among all BRCA2 VUS, those causing partial/leaky splicing defects are the most challenging to classify because the minimal level of full-length (FL) transcripts required for normal function remains to be established. Here, we explored BRCA2 exon 3 (BRCA2e3) as a model for calibrating variant-induced spliceogenicity and estimating thresholds for BRCA2 haploinsufficiency. In silico predictions, minigene splicing assays, patients' RNA analyses, a mouse embryonic stem cell (mESC) complementation assay and retrieval of patient-related information were combined to determine the minimal requirement of FL BRCA2 transcripts. Of 100 BRCA2e3 variants tested in the minigene assay, 64 were found to be spliceogenic, causing mild to severe RNA defects. Splicing defects were also confirmed in patients' RNA when available. Analysis of a neutral leaky variant (c.231T>G) showed that a reduction of approximately 60% of FL BRCA2 transcripts from a mutant allele does not cause any increase in cancer risk. Moreover, data obtained from mESCs suggest that variants causing a decline in FL BRCA2 with approximately 30% of wild-type are not pathogenic, given that mESCs are fully viable and resistant to DNA-damaging agents in those conditions. In contrast, mESCs producing lower relative amounts of FL BRCA2 exhibited either null or hypomorphic phenotypes. Overall, our findings are likely to have broader implications on the interpretation of BRCA2 variants affecting the splicing pattern of other essential exons. SIGNIFICANCE: These findings demonstrate that BRCA2 tumor suppressor function tolerates substantial reduction in full-length transcripts, helping to determine the pathogenicity of BRCA2 leaky splicing variants, some of which may not increase cancer risk.