L’identification et la connaissance de la structuration spatiale de stocks sont essentielles pour étudier la dynamique des populations de poissons et ainsi gérer les pêcheries. Dans cette étude, la forme des otolithes a été employée pour comprendre la structuration des stocks des populations des principales espèces commerciales capturées à l’île de La Réunion. Un total de 1091 individus, appartenant à 9 espèces de poissons osseux bentho-pélagiques de différents compartiments d’habitats coralliens et profonds (Aphareus rutilans, Cephalopholis aurantia, Epinephelus fasciatus, Etelis carbunculus, Lutjanus kasmira, Lutjanus notatus, Pristipomoides argyrogrammicus, Pristipomoides filamentosus, Variola albimarginata) a été analysé et comparé entre 10 zones réparties autour de la Réunion. Pour décrire la forme externe de l’otolithe, les descripteurs elliptiques de Fourier normalisés ont été extraits. Pour chaque espèce, l’analyse des données de forme a été réalisée en 2 étapes en regardant premièrement les effets potentiels de facteurs confondants que sont la taille du poisson, la symétrie des otolithes droit et gauche, le dimorphisme sexuel et la répartition spatiale. Lorsque ce dernier était significatif sur la forme de l’otolithe, une deuxième étape couplant deux analyses complémentaires a été effectuée avec le regroupement hiérarchique (apprentissage automatique non supervisé) et l'analyse discriminante linéaire (LDA) avec prédiction jacknifed (apprentissage automatique supervisé) permettant de caractériser les limites des potentiels stocks pour chacune des espèces traitées. Les résultats montrent que pour les 9 espèces traitées, seules 2 espèces profondes (Etelis carbunculus et Pristipomoides argyrogrammicus) montrent une structuration spatiale autour de l’île de la Réunion avec pour chacune d’elles, 2 stocks potentiellement séparés par un axe Nord-Ouest/Sud-Est. Ces résultats montrent que pour certaines espèces, l’île de La Réunion peut présenter des sous-populations locales.