A Pan-Cancer Census of Dominant Tumor Immune Archetypes
Rafael J Argüello
(1, 2, 3, 4)
,
Alexis Combes
(5)
,
Bushra Samad
(6)
,
Jessica Tsui
(6)
,
Nayvin Chew
,
Peter Yan
,
Gabriella Reeder
,
Divyashree Kushnoor
,
Alan Shen
,
Brittany Davidson
,
Andrea Barczac
,
Michael Adkisson
,
Austin Edwards
,
Mohammad Naser
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Kevin Barry
,
Tristan Courau
,
Taymour Hammoudi
,
Arjun Arkal Rao
,
Adam Olshen
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Cathy Cai
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Jenny Zhan
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Katelyn Davis
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Robin Kelley
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Jocelyn Chapman
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Chloe Attreya
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Amar Patel
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Adil Daud
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Patrick Ha
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Aaron Diaz
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Johannes Kratz
,
Eric Collisson
,
Gabriela Fragiadakis
,
David Erle
,
Alexandre Boissonnas
,
Saurabh Asthana
,
Vincent Chan
,
Matthew Krummel
1
CIML -
Centre d'Immunologie de Marseille - Luminy
2 AMU - Aix Marseille Université
3 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
4 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
5 UC San Francisco - University of California [San Francisco]
6 Department of Pathology, University of California, San Francisco
2 AMU - Aix Marseille Université
3 INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale
4 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
5 UC San Francisco - University of California [San Francisco]
6 Department of Pathology, University of California, San Francisco
Rafael J Argüello
- Fonction : Auteur
- PersonId : 742057
- IdHAL : rafael-arguello
- ORCID : 0000-0001-9785-3883
Alexis Combes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780444
- ORCID : 0000-0002-9110-6542
Bushra Samad
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804360
- ORCID : 0000-0002-2893-0897
Jessica Tsui
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804361
- ORCID : 0000-0002-1336-6760
Nayvin Chew
- Fonction : Auteur
Peter Yan
- Fonction : Auteur
Gabriella Reeder
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812890
- ORCID : 0000-0001-7286-4615
Divyashree Kushnoor
- Fonction : Auteur
Alan Shen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812891
- ORCID : 0000-0003-1744-2510
Brittany Davidson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812892
- ORCID : 0000-0003-3538-2822
Andrea Barczac
- Fonction : Auteur
Michael Adkisson
- Fonction : Auteur
Austin Edwards
- Fonction : Auteur
Mohammad Naser
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812893
- ORCID : 0000-0002-9025-2759
Kevin Barry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769961
- ORCID : 0000-0003-1064-5964
Tristan Courau
- Fonction : Auteur
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Taymour Hammoudi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812894
- ORCID : 0000-0002-9886-8750
Arjun Arkal Rao
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812895
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Adam Olshen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812896
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Cathy Cai
- Fonction : Auteur
Jenny Zhan
- Fonction : Auteur
Katelyn Davis
- Fonction : Auteur
Robin Kelley
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812897
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Jocelyn Chapman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812898
- ORCID : 0000-0002-4260-3016
Chloe Attreya
- Fonction : Auteur
Amar Patel
- Fonction : Auteur
Adil Daud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812899
- ORCID : 0000-0002-6617-8421
Patrick Ha
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812900
- ORCID : 0000-0003-0306-6147
Aaron Diaz
- Fonction : Auteur
Johannes Kratz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812901
- ORCID : 0000-0003-0696-4073
Eric Collisson
- Fonction : Auteur
Gabriela Fragiadakis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812902
- ORCID : 0000-0001-9703-2591
David Erle
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812903
- ORCID : 0000-0002-2171-0648
Alexandre Boissonnas
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : alexandre-boissonnas
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Saurabh Asthana
- Fonction : Auteur
Vincent Chan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806669
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Matthew Krummel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 803502
- ORCID : 0000-0001-7915-3533
Résumé
SUMMARY Cancers display significant heterogeneity with respect to tissue of origin, driver mutations and other features of the surrounding tissue. It is likely that persistent tumors differentially engage inherent patterns–here ‘Archetypes’–of the immune system, to both benefit from a tumor immune microenvironment (TIME) and to disengage tumor-targeting. To discover dominant immune system archetypes, the Immunoprofiler Initiative (IPI) processed 364 individual tumors across 12 cancer types using standardized protocols. Computational clustering of flow cytometry and transcriptomic data obtained from cell sub compartments uncovered archetypes that exist across indications. These Immune composition-based archetypes differentiate tumors based upon unique immune and tumor gene-expression patterns. Archetypes discovered this way also tie closely to well-established classifications of tumor biology. The IPI resource provides a template for understanding cancer immunity as a collection of dominant patterns of immune infiltration and provides a rational path forward to learn how to modulate these patterns to improve therapy.