Gene‐ and pathway‐level analyses of iCOGS variants highlight novel signaling pathways underlying familial breast cancer susceptibility
Christine Lonjou
(1, 2, 3)
,
Séverine Eon‐marchais
(1, 2, 3)
,
Thérèse Truong
(4)
,
Marie‐gabrielle Dondon
(1, 2, 3)
,
Mojgan Karimi
(4)
,
Yue Jiao
(1, 2, 3)
,
Francesca Damiola
(5)
,
Laure Barjhoux
(5)
,
Dorothée Le Gal
(1, 2, 3)
,
Juana Beauvallet
(1, 2, 3)
,
Noura Mebirouk
(1, 2, 3)
,
Eve Cavaciuti
(1, 2, 3)
,
Jean Chiesa
(6)
,
Anne Floquet
(7)
,
Séverine Audebert‐bellanger
(8)
,
Sophie Giraud
(9, 10)
,
Thierry Frebourg
(11)
,
Jean‐marc Limacher
(12)
,
Laurence Gladieff
(13, 14)
,
Isabelle Mortemousque
(15)
,
Hélène Dreyfus
(16, 17, 18)
,
Sophie Lejeune‐dumoulin
(19)
,
Christine Lasset
(20, 5)
,
Laurence Venat‐bouvet
(21)
,
Yves‐jean Bignon
(22, 23)
,
Pascal Pujol
(24, 25)
,
Christine Maugard
(26)
,
Elisabeth Luporsi
(27)
,
Valérie Bonadona
(20, 5)
,
Catherine Noguès
(28, 29)
,
Pascaline Berthet
(30)
,
Capucine Delnatte
(31)
,
Paul Gesta
(32)
,
Alain Lortholary
(33)
,
Laurence Faivre
(34, 35, 36)
,
Bruno Buecher
(37)
,
Olivier Caron
(38)
,
Marion Gauthier‐villars
(37)
,
Isabelle Coupier
(24, 25)
,
Sylvie Mazoyer
(39)
,
Luis‐cristobal Monraz
(1, 2, 3)
,
Maria Kondratova
(1, 2, 3)
,
Inna Kuperstein
(1, 2, 3)
,
Pascal Guénel
(4)
,
Emmanuel Barillot
(1, 2, 3)
,
Dominique Stoppa‐lyonnet
(37, 40)
,
Nadine Andrieu
(1, 2, 3)
,
Fabienne Lesueur
(1, 2, 3)
1
Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
2 Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris)
3 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
4 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
5 Centre Léon Bérard [Lyon]
6 CHU Nîmes - Hôpital Universitaire Carémeau [Nîmes]
7 Institut Bergonié [Bordeaux]
8 CHU - BREST - Hôpital Morvan - CHRU de Brest
9 HCL - Hospices Civils de Lyon
10 GHE - Groupement Hospitalier Lyon-Est
11 CHU Rouen
12 Hôpital pasteur [Colmar]
13 ICR - Institut Claudius Regaud
14 IUCT Oncopole - UMR 1037 - Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole
15 Hôpital Bretonneau
16 Institut Sainte Catherine [Avignon]
17 CHUGA - Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble]
18 hôpital couple-enfant [CHU Grenoble Alpes]
19 Clinique de Génétique médicale Guy Fontaine [CHRU LIlle]
20 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
21 Hôpital Dupuytren [CHU Limoges]
22 IMoST - Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques
23 UNICANCER/CJP - Centre Jean Perrin [Clermont-Ferrand]
24 Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier]
25 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
26 HUS - Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg
27 UNICANCER/ICL - Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy]
28 SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD - Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale
29 IPC - Institut Paoli-Calmettes
30 UNICANCER/CRLC - Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen]
31 UNICANCER/ICO - Institut de Cancérologie de l'Ouest [Angers/Nantes]
32 CH Georges Renon Niort - Centre Hospitalier Georges Renon [Niort]
33 CCS - Centre Catherine-de-Sienne [Nantes]
34 CHU Dijon
35 UNICANCER/CRLCC-CGFL - Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon]
36 institut GIMI - Institut de médecine génomique et d’immunothérapie (Genomic and Immunotherapy Medical Institute)
37 Institut Curie [Paris]
38 IGR - Institut Gustave Roussy
39 CRNL - Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center
40 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
2 Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris)
3 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
4 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
5 Centre Léon Bérard [Lyon]
6 CHU Nîmes - Hôpital Universitaire Carémeau [Nîmes]
7 Institut Bergonié [Bordeaux]
8 CHU - BREST - Hôpital Morvan - CHRU de Brest
9 HCL - Hospices Civils de Lyon
10 GHE - Groupement Hospitalier Lyon-Est
11 CHU Rouen
12 Hôpital pasteur [Colmar]
13 ICR - Institut Claudius Regaud
14 IUCT Oncopole - UMR 1037 - Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole
15 Hôpital Bretonneau
16 Institut Sainte Catherine [Avignon]
17 CHUGA - Centre Hospitalier Universitaire [CHU Grenoble]
18 hôpital couple-enfant [CHU Grenoble Alpes]
19 Clinique de Génétique médicale Guy Fontaine [CHRU LIlle]
20 LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558
21 Hôpital Dupuytren [CHU Limoges]
22 IMoST - Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques
23 UNICANCER/CJP - Centre Jean Perrin [Clermont-Ferrand]
24 Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHU Montpellier]
25 IRCM - U1194 Inserm - UM - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier
26 HUS - Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg
27 UNICANCER/ICL - Institut de Cancérologie de Lorraine - Alexis Vautrin [Nancy]
28 SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD - Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale
29 IPC - Institut Paoli-Calmettes
30 UNICANCER/CRLC - Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen]
31 UNICANCER/ICO - Institut de Cancérologie de l'Ouest [Angers/Nantes]
32 CH Georges Renon Niort - Centre Hospitalier Georges Renon [Niort]
33 CCS - Centre Catherine-de-Sienne [Nantes]
34 CHU Dijon
35 UNICANCER/CRLCC-CGFL - Centre Régional de Lutte contre le cancer Georges-François Leclerc [Dijon]
36 institut GIMI - Institut de médecine génomique et d’immunothérapie (Genomic and Immunotherapy Medical Institute)
37 Institut Curie [Paris]
38 IGR - Institut Gustave Roussy
39 CRNL - Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center
40 U830 - Unité de génétique et biologie des cancers
Thérèse Truong
- Fonction : Auteur
- PersonId : 989756
- IdHAL : therese-truong
Thierry Frebourg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757398
- ORCID : 0000-0003-0399-4007
- IdRef : 074620916
Pascal Pujol
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756985
- ORCID : 0000-0001-8315-4715
Christine Maugard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 907549
- IdRef : 224466089
Catherine Noguès
- Fonction : Auteur
- PersonId : 21280
- IdHAL : catherine-nogues
- ORCID : 0000-0002-5768-6299
- IdRef : 030671175
Sylvie Mazoyer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 752568
- IdHAL : sylvie-mazoyer
- ORCID : 0000-0002-2135-0160
- IdRef : 075600390
Pascal Guénel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757378
- ORCID : 0000-0002-8359-518X
- IdRef : 032371578
Résumé
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in over 180 loci have been associated with breast cancer (BC) through genome-wide association studies involving mostly unselected population-based case-control series. Some of them modify BC risk of women carrying a BRCA1 or BRCA2 (BRCA1/2) mutation and may also explain BC risk variability in BC-prone families with no BRCA1/2 mutation. Here, we assessed the contribution of SNPs of the iCOGS array in GENESIS consisting of BC cases with no BRCA1/2 mutation and a sister with BC, and population controls. Genotyping data were available for 1281 index cases, 731 sisters with BC, 457 unaffected sisters and 1272 controls. In addition to the standard SNP-level analysis using index cases and controls, we performed pedigree-based association tests to capture transmission information in the sibships. We also performed gene- and pathway-level analyses to maximize the power to detect associations with lower-frequency SNPs or those with modest effect sizes. While SNP-level analyses identified 18 loci, gene-level analyses identified 112 genes. Furthermore, 31 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes and 7 Atlas of Cancer Signaling Network pathways were highlighted (false discovery rate of 5%). Using results from the “index case-control” analysis, we built pathway-derived polygenic risk scores (PRS) and assessed their performance in the population-based CECILE study and in a data set composed of GENESIS-affected sisters and CECILE controls. Although these PRS had poor predictive value in the general population, they performed better than a PRS built using our SNP-level findings, and we found that the joint effect of family history and PRS needs to be considered in risk prediction models.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]| Origine | Publication financée par une institution |
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