L'une des techniques fondamentales de la biologie est l'alignement de séquences, c'est-à-dire la transformation d'une séquence en une autre avec un minimum de changement. L'alignement de séquences est essentiel pour les études évolutives et constitue une source d'information pour l'analyse des mécanismes physico-chimiques qui sont au cœur de l'activité des protéines. Les biologistes utilisent presque exclusivement des méthodes basées sur un modèle très simple, même s'ils sont conscients que cela peut être assez éloigné de la réalité. En fait, les modèles les plus complexes impliquent tellement de variables qu'elles ne peuvent pas être calculées en pratique. Cet article présente une méthode pour estimer la qualité de l'approximation faite à l'aide de modèles simples, donnant une mesure de l'écart par rapport à la réalité. Elle repose exclusivement sur l'analyse d'alignements par paires, sans recourir à des alignements multiples, et donc sans nécessiter la construction d'arbres et les problèmes qui y sont associés. L'article décrit également une approche qui permet de construire des arbres et des clusters à partir de séquences sans dépendre fortement du choix d'une mesure de dissimilarité. Elle illustre l'intérêt et l'efficacité du point de vue promu par Alex : supposer le moins possible et essayer de recueillir des informations à partir des données, avant de se tourner si nécessaire vers une modélisation explicite.