Le groupe de travail d'EGC Grands Graphes et Bioinformatique se réunit pour la deuxième fois dans le cadre des ateliers de la conférence EGC. L'objectif de cet atelier est de réunir des chercheurs venant de plusieurs disciplines et s'intéressant au lien entre fouille de grands graphes et bioinformatique. De nombreux problèmes de biologie cellulaire reposent en eet sur des réseaux (similarité de séquences, interactions entre protéines, régulation entre gènes...) et les avancées technologiques actuelles rendent ces objets de plus en plus grands. L'étude de tels réseaux nécessite une étroite collaboration entre informaticiens, bioinformaticiens, mathématiciens et biologistes. Les contributions de l'atelier 2016 illustrent en particulier deux grandes questions qui se posent actuellement à la communauté de bioinformatique au vu de l'aux de données de type omics. La première est l'inférence du réseau d'intérêt, qu'il soit de type transcriptomique ou métabolique. Trois des contributions utilisent une telle étape avant de pousser leurs analyses et on peut voir qu'il n'y a pas consensus sur la manière d'aborder le problème. La seconde question au coeur de cet atelier est la manière d'extraire de la connaissance de ces réseaux, que ce soit en comparant diérents réseaux entre eux ou en étant simplement capable de les visualiser de façon plus pertinente. Nous tenons à remercier les auteurs pour la qualité de leurs contributions, ainsi que les comités de programme et d'organisation d'EGC qui ont permis à cet atelier de voir le jour.