La haute vallée du Doubs est une région où les sources écrites et les fouilles archéologiques ne laissent pas entrevoir qu'il existait un peuplement humain permanent. La palynologie a autorisé une approche nouvelle de cette question et une amélioration de sa connaissance, notamment grâce aux analyses de deux sites, Mouthe et Remoray. Un début d'occupation humaine est visible dès le Néolithique moyen. L'âge du Bronze est caractérisé par une présence discrète de l'homme. La véritable phase d'installation humaine se situe au début de l'âge du Fer. Après des périodes de recul, l'expansion s'accélère à partir du haut Moyen Âge.