Les programmes scolaires actuels s'ouvrent aux aspects épistémologiques des sciences du vivant et des sciences de la Terre, qui ont comme pilier central le thème de l'évolution. Nous proposons ainsi dans cet article de rechercher comment les spécificités épistémologiques des sciences de l'évolution-lesquelles sont en tension entre les sciences fonctionnalistes et historiques-sont prises en compte dans les textes officiels de l'enseignement des sciences de la vie et de la Terre (SVT) au secondaire. Nous utilisons pour cette analyse les critères de différenciation de ces deux sciences pour caractériser les objets et les types de démarches scientifiques prescrites par l'institution scolaire et la place relative accordée à chacune dans l'enseignement des SVT. Nos résultats montrent une prédominance des démarches héritées des sciences fonctionnalistes et une quasi-absence des démarches historiques, alors que les aspects historiques de l'évolution sont bien inscrits dans les programmes. Nous proposons que ce déséquilibre épistémologique, conséquence d'une forme d'impensé des sciences historiques, pourrait expliquer certaines des difficultés récurrentes de l'enseignement de l'évolution, documentées dans de nombreux travaux sur cet enseignement. L'enseignement de l'évolution, objet de recherche récurrent en didactique des sciences, soulève des problèmes de différents ordres dont le premier peut être qualifié d'idéologique. En effet, un certain nombre d'enseignants expriment leurs difficultés à trouver les réponses adéquates aux élèves qui mettent en question la légitimité de l'évolution dans le cadre du cours de sciences de la vie et de la Terre (SVT) (Fortin, 2000 ; Clément, 2004 ; Maurines, 2010). Le second est d'ordre plus didactique. Une majorité d'élèves en France acceptent parfaitement l'idée de l'évolution, et notamment celle de placer l'homme au sein de l'arbre du vivant, mais beaucoup la comprennent mal. De nombreux élèves persistent en particulier dans une vision finaliste du monde vivant, impliquant une intentionnalité latente dans l'évolution (Coquidé & Tirard, 2009 ; Bronner, 2007). Nous proposons ici que ces problèmes, bien que de nature différente, présentent comme point commun d'être sous-tendus par des questions d'ordre épistémologique. Les difficultés rencontrées par les enseignants et les incompréhensions récurrentes des élèves, indépendamment de toute résistance idéologique, témoignent selon nous de confusions quant aux raisonnements et aux modes de validation à l'oeuvre dans les sciences de l'évolution, en particulier quand ils impliquent une mise en cohérence de données éparses, plutôt qu'une validation expérimentale directe. Mais les enseignants de SVT disposent-ils d'un cadrage institutionnel et des ressources suffisantes pour répondre pleinement à ces problèmes épistémologiques ? Dans une période qui voit les programmes du secondaire français s'ouvrir aux aspects épistémologiques de la connaissance scientifique, il nous paraît pertinent d'interroger quels sont, dans ce domaine, les fondements des instructions officielles pour la discipline SVT. Précisons d'emblée que nous travaillons en premier lieu sur les programmes du lycée mis en place en 2010. Au collège, de nouveaux programmes sont en vigueur depuis la rentrée 2016. Ils sont donc en cours d'évaluation et amenés à se modifier. C'est pourquoi leur analyse nécessite une certaine prudence.