Ce numéro de Matière première est issu à la fois d'un colloque (organisé le 22 janvier 2007 par le Centre Cavaillès, ENS Paris) qui traitait du rôle de la modélisation en biologie et d'un séminaire (organisé en 2006-2007 par l'Association pour les études matérialistes, au MNHN) dont le thème était « Explication, modélisation et simulation ». On y trouve un tour d'horizon pluridisciplinaire (philosophie, économie, biologie) et quelques sondages plus en profondeur dans un domaine - la biologie des systèmes - où, à certains égards, les épistémologies appliquées des modèles et des simulations semblent le plus rapidement et le plus significativement évoluer aujourd'hui. Par sa perspective critique et comparative, cette approche offre un panorama du domaine utile à de nombreux spécialistes, praticiens ou théoriciens de la modélisation et de la simulation, démarches cruciales dans toutes les sciences.