Lors de leur stockage ou de leur valorisation, les déchets peuvent être soumis à des agressions d'origine microbienne, même lorsque les conditions de stockage ou valorisation sont destinées à les réduire. Les mécanismes de biodétérioration peuvent être directs lorsque les micro-organismes transforment les constituants des déchets, ou indirects lorsque ce sont leurs métabolites qui sont agressifs. La biodétérioration peut s'avérer significative lorsque le déchet ou son environnement contient ou apporte des substances telles que matière organique, composés soufrés, composés azotés, fer. Elle peut être ralentie ou empêchée par des conditions physico-chimiques défavorables, notamment de faible teneur en eau, pH très alcalin et mauvaise oxygénation. Les méthodes d'évaluation reposent sur des essais accélérés qui tentent d'optimiser le contact déchet/micro-organismes, et des tests de simulation visant à reproduire le scénario de stockage ou utilisation envisagé.