Les découvertes récentes ont profondément renouvelé les connaissances sur l’agglomération antique de Mandeure/Epomanduodurum, considérée comme la plus importante de la cité des Séquanes après la capitale de cité Besançon/Vesontio. Si elles ont permis de reconsidérer l’évolution de la ville entre la fin de l’âge du Fer et le haut Moyen Âge, elles ont surtout permis d’appréhender toute l’ampleur des mutations que connaît l’agglomération à la fin de l’Empire romain. Celles-ci se traduisent par la construction d’un castrum et d’une importante basilique paléochrétienne à l’emplacement d’un camp militaire édifié vers le milieu du IV^e s. apr. J.-C. Ces résultats remettent en cause une tradition historiographique bien ancrée qui envisageait un abandon progressif de la ville dans le courant du IV^e s. et font écho aux chartes du VIII^e s. qui citent le bourg fortifié de Mandorum. Dans le même temps, et non loin en aval, on assiste à la création de l’établissement fortifié de hauteur de Château-Julien, dans une situation stratégique de contrôle au carrefour de voies terrestres et fluviales. La présence concomitante de ces deux pôles de pouvoir pose toute la question d’une restructuration territoriale polarisée sur cette portion de la vallée du Doubs.