Les rejets liquides issus des salles de traite (les eaux blanches et vertes) causent des dommages importants à l'environnement. Il s'agit en effet d'une source de pollutions ponctuelles dispersées sur le territoire, à la fois organiques (déjections animales ou lactosérum de fromageries), chimiques (détergents et désinfectants des eaux de lavage) et sanitaires (micro-organismes pathogènes présents dans les déjections animales). Les effets de ces pollutions cumulées sur l'environnement sont suffisamment importants pour que les ingénieurs agronomes de l'INRA conçoivent des systèmes de traitement spécifiques. Compte tenu des difficultés économiques rencontrées par les agriculteurs, ces systèmes de traitement doivent être pensés pour répondre à trois critères principaux : présenter des performances adaptées au milieu récepteur local, relever d'une technologie rustique, et nécessiter des coûts d'investissement et de maintenance réduits. En situation expérimentale, les technologies préconisées (filtres à sable plantés de roseaux, lagunages, lits bactériens et boues activées) ont fait la preuve de leur efficacité, mais les agriculteurs ne semblent pas prêts à les adopter. Sociologiquement parlant, ils résistent à une nouvelle « normalisation » environnementale.