Pour répondre aux enjeux de production, de santé humaine et de préservation de l’environnement, de nouveaux systèmes de culture doivent être imaginés. La participation active des professionnels agricoles (agriculteurs, conseillers, expérimentateurs…) dans ces démarches vise à concevoir et expérimenter des systèmes à la fois performants sur le plan agroécologique et réalisables dans les exploitations agricoles. Dans cet article, nous présentons une analyse croisée de deux projets de coconception conduits sur les systèmes maraîchers sous abris en zone méditerranéenne pour contrôler les bioagresseurs des cultures. Nous explicitons les choix effectués au cours de la démarche, en particulier la place de l’expérimentation-système, et discutons leur cohérence au regard des enjeux initiaux. Nous montrons que l’objectif de trouver des modes de conduite basés sur des processus agroécologiques questionne fortement la nature des connaissances produites et la façon de disséminer les résultats. La discussion porte également sur la participation des acteurs et la diversité de leurs rôles dans les démarches de co-conception. Les sorties des projets de co-conception ne se limitent pas à quelques stratégies agronomiques conçues et testées sur un site spécifique, mais incluent aussi des modalités de raisonnements et des apprentissages qui contribuent à la transition agroécologique et à de nouvelles relations entre scientifiques et professionnels.