Analyse du méthylome chez l'embryon de poulet par séquençage haut-débit
Résumé
Investigating the molecular causes of phenotypic variations observed in farmed species usually involves the
study of the variability in the DNA sequence. Recently, many studies have described the important role of the
environment in the regulation of gene expression, particularly through epigenetic mechanisms. In order to
characterize one of these epigenetic marks in chicken, DNA methylation, we have used 8 embryos (4 males and
4 females) from the reciprocal cross of two lines. We developed a bioinformatic analysis pipeline to analyze
methylation marks from high-throughput sequencing. We have observed a lower methylation rate in the
promoter regions than within the genes and intergenic regions. Thanks to the transcriptomic data also available
on these embryos, we have shown that the gene expression level was higher when the promoter regions were
poorly methylated, and vice versa. The possible interaction of the genetic background or sex with the
methylation level and the link with expression level in these 8 embryos is being analyzed. These analyses will be
extended as part of the ANR ChickStress project, which studies the methylome response to changes in
temperature and the use of a low-energy diet in chicken.
L'étude des causes moléculaires des variations phénotypiques observées chez les espèces d’élevage passe
généralement par l'analyse de la variabilité de la séquence d’ADN. Récemment, de nombreuses études décrivent
le rôle important de l’environnement dans la régulation de l’expression des gènes, notamment via des
phénomènes épigénétiques. Afin de caractériser une des marques épigénétiques chez le poulet, la méthylation de
l'ADN, un dispositif de 8 embryons (4 mâles et 4 femelles) issus du croisement réciproque de deux lignées a été
utilisé. À partir d'une technique d'analyse par séquençage à haut-débit des marques de méthylation, un pipeline
d’analyse bioinformatique a été développé. Un taux de méthylation plus faible dans les régions promotrices que
dans les régions géniques et intergéniques a été observé. Grâce aux données transcriptomiques également
disponibles sur ces embryons, nous avons confirmé que le niveau d’expression des gènes est plus fort quand les
régions promotrices sont peu méthylées, et inversement. La possible interaction du fond génétique ou du sexe
avec le niveau de méthylation, et son lien avec les niveaux d’expression chez les 8 embryons est en cours
d’analyse. Ces analyses vont être étendues dans le cadre du projet ANR ChickStress qui étudie la réponse du
méthylome à des variations de température et à l’utilisation d’un aliment de faible valeur énergétique chez la
poule.