Analyse du méthylome chez l'embryon de poulet par séquençage haut-débit - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Poster De Conférence Année : 2017

Analyse du méthylome chez l'embryon de poulet par séquençage haut-débit

Résumé

Investigating the molecular causes of phenotypic variations observed in farmed species usually involves the study of the variability in the DNA sequence. Recently, many studies have described the important role of the environment in the regulation of gene expression, particularly through epigenetic mechanisms. In order to characterize one of these epigenetic marks in chicken, DNA methylation, we have used 8 embryos (4 males and 4 females) from the reciprocal cross of two lines. We developed a bioinformatic analysis pipeline to analyze methylation marks from high-throughput sequencing. We have observed a lower methylation rate in the promoter regions than within the genes and intergenic regions. Thanks to the transcriptomic data also available on these embryos, we have shown that the gene expression level was higher when the promoter regions were poorly methylated, and vice versa. The possible interaction of the genetic background or sex with the methylation level and the link with expression level in these 8 embryos is being analyzed. These analyses will be extended as part of the ANR ChickStress project, which studies the methylome response to changes in temperature and the use of a low-energy diet in chicken.
L'étude des causes moléculaires des variations phénotypiques observées chez les espèces d’élevage passe généralement par l'analyse de la variabilité de la séquence d’ADN. Récemment, de nombreuses études décrivent le rôle important de l’environnement dans la régulation de l’expression des gènes, notamment via des phénomènes épigénétiques. Afin de caractériser une des marques épigénétiques chez le poulet, la méthylation de l'ADN, un dispositif de 8 embryons (4 mâles et 4 femelles) issus du croisement réciproque de deux lignées a été utilisé. À partir d'une technique d'analyse par séquençage à haut-débit des marques de méthylation, un pipeline d’analyse bioinformatique a été développé. Un taux de méthylation plus faible dans les régions promotrices que dans les régions géniques et intergéniques a été observé. Grâce aux données transcriptomiques également disponibles sur ces embryons, nous avons confirmé que le niveau d’expression des gènes est plus fort quand les régions promotrices sont peu méthylées, et inversement. La possible interaction du fond génétique ou du sexe avec le niveau de méthylation, et son lien avec les niveaux d’expression chez les 8 embryons est en cours d’analyse. Ces analyses vont être étendues dans le cadre du projet ANR ChickStress qui étudie la réponse du méthylome à des variations de température et à l’utilisation d’un aliment de faible valeur énergétique chez la poule.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-01606018 , version 1 (02-10-2017)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01606018 , version 1
  • PRODINRA : 396220

Citer

Marjorie Mersch, Celine Noirot, Sophie Leroux, Diane Esquerre, David Gourichon, et al.. Analyse du méthylome chez l'embryon de poulet par séquençage haut-débit. 12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture, 1124 p., 2017, 12èmes Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras. ⟨hal-01606018⟩
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