Caractérisation génétique des races locales françaises de poules : Projet Biodiva
Résumé
The small population sizes of French local breeds raise the question of their in- or ex-situ conservation. For that
goal the characterization of their genetic diversity with molecular tools appears as a preliminary key step. 22
local breeds along with 4 control widespread lines with an average of 60 individuals per breed were genotyped
using a 57K DNA SNP chip leading to a total sample made of 26 breeds and 1516 individuals. Within breed
genetic diversity was good but variable among them (mean F comprised between 3 and 28%), inbreeding
coefficients being related to the population sizes. Among breed diversity was large (Fst=0.25) allowing for a
clear genetic identification of breeds. Relationships among breeds figured out their history (origin, breeders) or
usage (broilers, layers...). Finally combining these genetic analyses with morphological data could help detecting
genomic region of interest in a selection perspective. To conclude, French local breeds appeared to be largely
diversified genetically and morphologically making them a good example of a successful management by both
breeders and selection centers. Nevertheless much attention should be paid for their long term conservation.
Les faibles effectifs observés chez les races traditionnelles, locales et/ou anciennes posent la question de leur
conservation in- ou ex-situ. La caractérisation de leur diversité génétique est un des déterminants essentiels de
leur maintien et les analyses moléculaires s’avèrent être l’outil idéal pour cela. 22 races locales de poules ont
donc été génotypées à raison de 60 individus par population en moyenne avec une puce à ADN haute densité
(57K). 4 lignées commerciales témoin ont également été intégrées, soit un total de 26 populations et 1516
individus. La diversité intra-race est bonne, avec un niveau de consanguinité correct mais variable entre races (F
moyen compris entre 3 et 28%), le niveau de consanguinité d’une race étant logiquement lié avec ses effectifs. Il
existe également une grande diversité entre races (Fst=0.25), qui se différencient bien les unes des autres. De
plus, les relations observées entre races sont cohérentes avec leurs histoires. La structuration génétique
s’explique ensuite principalement par la conduite des élevages. L’usage des races (pondeuses, de chair,
commerciales) affecte aussi leur structure génétique. Finalement, ces analyses, combinées à la description
morphologique des races, pourraient permettre de détecter des zones du génome d’intérêt pour la sélection. En
conclusion, les races locales françaises de poules présentent une grande diversité génétique, avec des spécificités,
permettant de les distinguer très clairement les unes des autres. De plus leur gestion semble bien menée par les
éleveurs et centres de sélection avec le maintien d’une diversité intra et inter-population relativement importante.