The Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes (MetaSUB) International Consortium inaugural meeting report
Ariel Chernomoretz
,
Gustavo Stolovitzky
,
Pawel P. Labaj
,
Alexandra B. Graf
,
Aaron Darling
(1)
,
Catherine Burke
,
Houtan Noushmehr
,
Milton Ozorio Moraes
,
Emmanuel Dias-Neto
,
Yongli Guo
,
Zhi Xie
,
Patrick Lee
,
Leming Shi
,
Carlos A. Ruiz-Perez
,
Maria Mercedes Zambrano
,
Rania Siam
(2)
,
Amged Ouf
,
Hugues Richard
(3)
,
Ingrid Lafontaine
(3)
,
Lothar H. Wieler
,
Torsten Semmler
(4, 5)
,
Niyaz Ahmed
,
Bharath Prithi-Viraj
,
Narasimha Nedunuri
,
Shaadi Mehr
,
Kambiz Banihashemi
,
Florigio Lista
(6)
,
Anna Anselmo
(7)
,
Haruo Suzuki
(8, 9)
,
Makoto Kuroda
,
Riu Yamashita
,
Yukoto Sato
,
Eli Kaminuma
,
Celia M. Alpuche Aranda
,
Jesus Martinez
,
Christopher Dada
,
Marius Dybwad
,
Manuela Oliveira
,
Stephan Schuster
,
Geoffrey H. Siwo
,
Soojin Jang
,
Sung Chul Seo
,
Sung Ho Hwang
,
Stephan Ossowski
,
Daniela Bezdan
,
Salama Chaker
,
Aspassia D. Chatziefthimiou
,
Klas Udekwu
,
Per Liungdahl
,
Ugur Sezerman
,
Cem Meydan
,
Eran Elhaik
,
Gaston Gonnet
,
Lynn M. Schriml
,
Emmanuel Mongodin
(10)
,
Curtis Huttenhower
(11)
,
Jack Gilbert
(12, 13)
,
Christopher E. Mason
,
Jonathan Eisen
,
David Hirschberg
,
Mark Hernandez
,
Metasub Int Consortium
1
Genome Center [UC Davis]
2 American University in Cairo
3 LCQB - Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology
4 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
5 Centre for Infection Medicine
6 Health Corps Italian Army, Department of Molecular Biology
7 Integrative Biology Unit
8 Department of Environmental Science and Engineering
9 Department of Population Medicine and Diagnostic Sciences
10 Dynamique cellulaire et moléculaire de la muqueuse respiratoire
11 Biostatistics Department
12 Institute for genomic and systems biology
13 Department of Ecology and Evolution [Chicago]
2 American University in Cairo
3 LCQB - Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology
4 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
5 Centre for Infection Medicine
6 Health Corps Italian Army, Department of Molecular Biology
7 Integrative Biology Unit
8 Department of Environmental Science and Engineering
9 Department of Population Medicine and Diagnostic Sciences
10 Dynamique cellulaire et moléculaire de la muqueuse respiratoire
11 Biostatistics Department
12 Institute for genomic and systems biology
13 Department of Ecology and Evolution [Chicago]
Ariel Chernomoretz
- Fonction : Auteur
Gustavo Stolovitzky
- Fonction : Auteur
Pawel P. Labaj
- Fonction : Auteur
Alexandra B. Graf
- Fonction : Auteur
Aaron Darling
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763113
- ORCID : 0000-0003-2397-7925
Catherine Burke
- Fonction : Auteur
Houtan Noushmehr
- Fonction : Auteur
- PersonId : 775000
- ORCID : 0000-0003-4051-8114
Milton Ozorio Moraes
- Fonction : Auteur
Emmanuel Dias-Neto
- Fonction : Auteur
Yongli Guo
- Fonction : Auteur
Zhi Xie
- Fonction : Auteur
Patrick Lee
- Fonction : Auteur
Leming Shi
- Fonction : Auteur
Carlos A. Ruiz-Perez
- Fonction : Auteur
Maria Mercedes Zambrano
- Fonction : Auteur
Amged Ouf
- Fonction : Auteur
Ingrid Lafontaine
- Fonction : Auteur
- PersonId : 956040
- IdHAL : ingrid-lafontaine
- ORCID : 0000-0003-4544-8055
- IdRef : 19823595X
Lothar H. Wieler
- Fonction : Auteur
Niyaz Ahmed
- Fonction : Auteur
Bharath Prithi-Viraj
- Fonction : Auteur
Narasimha Nedunuri
- Fonction : Auteur
Shaadi Mehr
- Fonction : Auteur
Kambiz Banihashemi
- Fonction : Auteur
Makoto Kuroda
- Fonction : Auteur
Riu Yamashita
- Fonction : Auteur
Yukoto Sato
- Fonction : Auteur
Eli Kaminuma
- Fonction : Auteur
Celia M. Alpuche Aranda
- Fonction : Auteur
Jesus Martinez
- Fonction : Auteur
Christopher Dada
- Fonction : Auteur
Marius Dybwad
- Fonction : Auteur
Manuela Oliveira
- Fonction : Auteur
Stephan Schuster
- Fonction : Auteur
Geoffrey H. Siwo
- Fonction : Auteur
Soojin Jang
- Fonction : Auteur
Sung Chul Seo
- Fonction : Auteur
Sung Ho Hwang
- Fonction : Auteur
Stephan Ossowski
- Fonction : Auteur
Daniela Bezdan
- Fonction : Auteur
Salama Chaker
- Fonction : Auteur
Aspassia D. Chatziefthimiou
- Fonction : Auteur
Klas Udekwu
- Fonction : Auteur
Per Liungdahl
- Fonction : Auteur
Ugur Sezerman
- Fonction : Auteur
Cem Meydan
- Fonction : Auteur
Eran Elhaik
- Fonction : Auteur
Gaston Gonnet
- Fonction : Auteur
Lynn M. Schriml
- Fonction : Auteur
Christopher E. Mason
- Fonction : Auteur
Jonathan Eisen
- Fonction : Auteur
David Hirschberg
- Fonction : Auteur
Mark Hernandez
- Fonction : Auteur
Metasub Int Consortium
- Fonction : Auteur
Résumé
The Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes (MetaSUB) International Consortium is a novel, interdisciplinary initiative comprised of experts across many fields, including genomics, data analysis, engineering, public health, and architecture. The ultimate goal of the MetaSUB Consortium is to improve city utilization and planning through the detection, measurement, and design of metagenomics within urban environments. Although continual measures occur for temperature, air pressure, weather, and human activity, including longitudinal, cross-kingdom ecosystem dynamics can alter and improve the design of cities. The MetaSUB Consortium is aiding these efforts by developing and testing metagenomic methods and standards, including optimized methods for sample collection, DNA/RNA isolation, taxa characterization, and data visualization. The data produced by the consortium can aid city planners, public health officials, and architectural designers. In addition, the study will continue to lead to the discovery of new species, global maps of antimicrobial resistance (AMR) markers, and novel biosynthetic gene clusters (BGCs). Finally, we note that engineered metagenomic ecosystems can help enable more responsive, safer, and quantified cities.